Систематический обзор: использование R/Python для извлечения всех результатов PubMed и импорта в Ref Manager (Zotero)

Question

Новичок в стеке - дайте мне знать, если я делаю это неправильно.

Я пытаюсь помочь другу извлечь все результаты PubMed из данного поиска (в идеале, из нескольких поисков) и поместить их в файл, который Zotero (или другой Ref Manager) может прочитать. Это похоже на то, что нужно было бы сделать практически для каждого систематического обзора, и поэтому я подумал, что могу спросить, есть ли у кого-нибудь более легкий путь.

Я знаю, что вы можете "Сохранить в" в PubMed - но это позволяет вам получать только 200 статей за раз, и вам нужно физически участвовать в каждом из поисков. Я слышал о пакете easyPubMed для R, но он лучше всего работает с файлами XML, которые (насколько мне известно) не могут быть прочитаны менеджерами по ссылкам.

С точки зрения псевдо-R-кода, я ищу что-то вроде этого:

searchTerms <- c("influenza", "cholera", "ebola", "infect*")
doc <- RefManagerFormatDoc()

for (i in searchTerms){
    tmp <- pullAllPubMedSearchResults(i)
    doc <- append(doc, tmp) 
    doc <- removeDuplicates(doc)
}

saveRefManagerFormatDoc("\path") ## then use Zotero's import function

Мне удобнее использовать R или Python, но если есть отличное решение, использующее другую среду, я буду его использовать.