Скачать список всех опубликованных идентификаторов по дате (от-до)

Question

Мне нужно автоматизировать сбор статей PubMed. Я нашел только примеры загрузки статей PubMed по запросу запроса и загрузки статьи PubMed по pmid. (ОДНА СТАТЬЯ) Но я думаю о том, чтобы загрузить СПИСОК идентификаторов PubMed по дате (от-до) или все из них, как в OAI.

Answer 1

Вы можете использовать BioPython для таких целей. Следующий фрагмент кода даст вам ссылку на все статьи PubMed в определенном диапазоне дат. Статьи PMC можно загрузить напрямую, для других статей предоставляется DOI, но местоположение PDF-файла зависит от издателя и не может быть предсказано для всех статей.

def article_links(start_date, end_date = '3000'):
    """
    start_date, end_date = 'YYYY/MM/DD'
    returns a list of PubMedCentral links and a 2nd list of DOI links
    """
    from Bio import Entrez

    Entrez.email = "[e-mail]"

    #get all articles in certain date range, in this case 5 articles which will be published in the future
    handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term='("%s"[Date - Publication] : "%s"[Date - Publication]) ' %(start_date, end_date))
    records = Entrez.read(handle)

    #get a list of Pubmed IDs for all articles
    idlist = ','.join(records['IdList'])
    handle = Entrez.efetch("pubmed", id=idlist, retmode="xml")
    records = Entrez.parse(handle)

    pmc_articles = []
    doi = []
    for record in records:
        #get all PMC articles
        if record.get('MedlineCitation'):
            if record['MedlineCitation'].get('OtherID'):
               for other_id in record['MedlineCitation']['OtherID']:
                   if other_id.title().startswith('Pmc'):
                       pmc_articles.append('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/%s/pdf/' % (other_id.title().upper()))
        #get all DOIs
        if record.get('PubmedData'):
            if record['PubmedData'].get('ArticleIdList'):
                for other_id in record['PubmedData']['ArticleIdList']:
                    if 'doi' in other_id.attributes.values():
                        doi.append('http://dx.doi.org/' + other_id.title())


    return pmc_articles, doi

if __name__ == '__main__':
    print (article_links('2016/12/20'))