Описание тега rentrez
Предоставляет интерфейс R для API EUtils NCBI, позволяющий пользователям выполнять поиск в базах данных, таких как GenBank и PubMed, обрабатывать результаты этих поисков и загружать данные в свои сеансы R.
3
ответа
Использование Rentrez для анализа автора и принадлежности от опубликованных
Моя общая цель - построить граф сети соавторов. У меня есть список идентификаторов PubMed, и это единственные публикации, которые меня интересуют для построения графика сети соавторов. Я не могу понять, как собрать вместе имена авторов и соответству…
22 фев '17 в 17:56
1
ответ
Списки резюме из Rentrez перестают работать после слияния с помощью append()
tl;dr: Чем отличается список резюме, созданный rentrezи почему указанные списки перестают работать с другими rentrez функции после того, как они объединены с использованием append()? Я захожу в Pubmed используя rentrez, Я могу без проблем искать пуб…
06 авг '18 в 20:48
1
ответ
xpathApply: как передать несколько путей или узлов?
# parse PubMed data library(XML) # xpath library(rentrez) # entrez_fetch pmids <- c("25506969","25032371","24983039","24983034","24983032","24983031","26386083", "26273372","26066373","25837167","25466451","25013473","23733758") # Above IDs are m…
05 окт '15 в 16:12
1
ответ
Как отследить, какой идентификатор белка связан с каким идентификатором гена с помощью Rentrez
У меня есть набор идентификаторов белка, и я хочу получить соответствующие кодирующие последовательности (CDS) без потери идентификатора белка. Мне удалось загрузить соответствующие CDS, но, к сожалению, идентификаторы CDS сильно отличаются от идент…
23 май '17 в 21:35
1
ответ
Как игнорировать запятую в текстовом пункте при сохранении в формате.csv?
Я пытаюсь извлечь данные из NCBI, используя различные функции в rentrez пакет. Тем не менее, у меня есть проблема, потому что функция extract_from_esummary() в renrez приводит к матрице, где текст столбца разделяется на соседние столбцы при сохранен…
07 окт '15 в 17:11
0
ответов
Невозможно использовать RCurl в R на Windows
Я установил curl по этой ссылке. Мой системный путь также обновлен с помощью каталога установки curl, и я могу свернуться из командной строки. Я также установил RCurl. Но мой RStudio выдает эту ошибку: Ошибка в loadNamespace(name): нет пакета с имен…
21 сен '16 в 22:44
1
ответ
Как сохранить Protein ID при получении кодирующих последовательностей с помощью Rentrez
У меня есть несколько идентификаторов белков, и мне нужно получить соответствующие кодирующие последовательности (CDS). Мне удалось получить CDS, но имена каждой последовательности меняются с XP* на XM*, и мне нужно сохранить заголовок XP* для каждо…
25 май '17 в 19:39
1
ответ
.attrs и повторяющиеся записи в списке R
Я пытаюсь получить некоторую информацию из NCBI, используя этот скрипт R: require(rentrez) require(magrittr) rs = "rs16891982" rss = c("rs16891982", "rs12203592", "rs1408799", "rs10756819", "rs35264875", "rs1393350", "rs12821256", "rs17128291", "rs1…
08 апр '15 в 15:24
0
ответов
Ошибка rentrez Ошибка HTTP: 400 при загрузке>1/3 записей
У меня странная ситуация. Я добываю данные PubMed с помощью rentrez, Когда я бегу entrez_search() а потом entrez_summary() а потом entrez_fetch() Я получаю сообщение об этой ошибке (полный код внизу поста): Error: HTTP failure: 400 <?xml version=…
16 июл '18 в 21:18
1
ответ
Векторизация для цикла в R
О чувак. Я так ужасно удаляю циклы for из своего кода, потому что нахожу их такими интуитивно понятными и впервые изучил C++. Ниже я извлекаю идентификаторы для поиска (в данном случае - copd) и использую этот идентификатор для получения полного XML…
23 май '18 в 00:55
2
ответа
Вычисление количества xmlchildren под каждым родительским узлом для списка в R
Я запрашиваю PubMED с длинным списком PMID, используя R. Поскольку entrez_fetch может делать только определенное число одновременно, я разбил свои ~2000 PMID на один список с несколькими векторами (каждый длиной около 500). Когда я запрашиваю PubMED…
18 май '17 в 16:38
1
ответ
Хранение данных во фрейме данных из за цикла - rentrez
Я пытаюсь найти список SNP, которые имеют записи PubMed, используя rentrez пакет. Когда я запускаю приведенный ниже код, я получаю нулевой фрейм данных. Я думаю, что я не пишу фрейм данных правильно. library(rentrez) term <- c('AKR1C1[GENE] AND s…
12 апр '17 в 23:45
2
ответа
Очистить данные от PubMed
Я написал следующую функцию для извлечения данных из PubMed с помощью Entrez: def getFromPubMed(id): handle = Entrez.efetch(db="pubmed",rettype="medline",retmode="text", id=str(id)) records = Medline.parse(handle) for record in records: abstract = s…
03 фев '18 в 02:03
2
ответа
Сортировать опубликованные поиски от Rentrez по релевантности
Я ищу PubMed с помощью пакета rentrez в R и хотел бы отсортировать результаты по релевантности. В настоящее время они отсортированы по дате публикации. library(rentrez) query = 'regression to the mean[TITL]' entrez_search = entrez_search(db="pubmed"…
04 июл '16 в 10:10
0
ответов
Как правильно реализовать entrez_post() и entrez_summary() в Rentrez для большого количества запросов?
У меня есть список ок. 4400 номеров доступа (белков) хранятся в виде столбца данных. Не все эти номера доступа соответствуют записям NCBI, но я хочу найти в базе данных NCBI эти номера доступа и получить название организма, с которым связан каждый н…
22 янв '19 в 15:30
2
ответа
Различия между выводом Biopython NCBI/Entrez и выводом пакета R
Я новичок в доступе к Entrez через Biopython и пару пакетов R (rentrez и reutil). При доступе к базе данных 'nuccore' с помощью esummary поля вывода, возвращаемые Biopython, отличаются от полей, возвращаемых пакетами R. Python: handle = Entrez.esear…
02 июн '17 в 04:15
1
ответ
Разбор XML из NCBI Entrez в R
Я хочу извлечь некоторую информацию из раздела функций записи NCBI, и я использую этот код. Скачать данные fetch2 <- entrez_fetch(db = "nucleotide", id = 1028916732, rettype = "gbc", retmode="xml", parsed = TRUE) Проанализировать данные xmltop = …
10 сен '18 в 15:14
0
ответов
Запрашивать лимит и удовлетворение
Я хочу сделать тысячи запросов Entrez. Я знаю, что вам не разрешено делать более 3 запросов в секунду, если у вас нет ключа API. Рентрез Вступление говорит, что Рентрез применяет этот лимит. Я просто хочу убедиться, что NCBI не блокирует меня, поэто…
18 апр '19 в 11:27
1
ответ
Data.frame два списка, каждый список содержит различную длину элементов
У меня есть фрейм данных с двумя списками переменных. Каждое наблюдение в списке содержит различную длину элементов. Например, четвертая переменная "accession" содержит один элемент, а седьмая содержит два элемента. текущий фрейм данных Я хочу сдела…
22 июл '19 в 22:15
1
ответ
System() открывает соединение?
У меня есть команда entrez, которую я прохожу через цикл в R, и, кажется, какое-то время она работает нормально, но в конечном итоге я получаю сообщение об ошибке, которое мне трудно понять. Error in system(command = paste0(<string modified in lo…
28 янв '20 в 23:40