Найти последовательности, которые не соответствуют целевой последовательности

Question

Интересный вопрос от Rnaer из Biostar:

Я хочу найти уникальные последовательности ДНК / белка заданной длины (например, 30nt), которые не соответствуют ни одной области генома C.elegans. Есть ли инструмент для этого?

Answer 1

NCBI предоставляет простой способ поиска в базах данных последовательностей ДНК / аминокислот, которые НЕ соответствуют геному-мишени организмов, но соответствуют другим базам данных и источникам.

Просто используйте exclude field в NCBI's BLASTn

Надеюсь, это было полезно.