PSIPRED, как установить и заставить его работать?
Я пытаюсь настроить PSIPRED для запуска прогнозирования вторичной структуры, но файл README.md недостаточно подробен для начинающего, как я, чтобы настроить и запустить PSIPRED. Я пытаюсь использовать его с BLAST+.
Я работаю в операционной системе Linux Ubuntu 17.04, и ниже приведены шаги, которые я предпринимаю, чтобы попытаться настроить PSIPRED. Кажется, что отсутствуют программы, которые я не знаю, как установить или найти, где они находятся, а также отсутствуют команды:
sudo apt install ncbi-blast+ #OK: Install BLAST+
wget http://bioinfadmin.cs.ucl.ac.uk/downloads/psipred/psipred.4.01.tar.gz #OK: Get the latest PSIPRED
tar xzvf psipred.4.01.tar.gz #OK: Extract the latest PSIPRED
rm psipred.4.01.tar.gz #OK: Remove the the latest PSIPRED .tar.gz download
cd psipred/src #OK: Go to source code directory
make #OK: Compile PSIPRED binaries
make install #OK: Compile PSIPRED binaries
cd .. #OK: Go back to PSIPRED top level directory
wget ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref90/uniref90.fasta.gz #OK: Download the latest uniref90 database
gunzip -v uniref90.fasta.gz #OK: Uncompress the latest uniref90 database
bin/pfilt uniref90.fasta > uniref90filt #ERROR HERE: pfilt not found. Cannot find where the pfilt program is and cannot find from where to install it from
formatdb -t uniref90filt -i uniref90filt #ERROR HERE: formatdb not found. Cannot find where the formatdb program is and cannot find from where to install it from
makeblastdb -dbtype prot -in uniref90filt -out uniref90filt #OK: Not sure what this does but it works fine
./BLAST+/runpsipredplus example/example.fasta #ERROR HERE: /usr/local/bin/psiblast: Command not found. FATAL: Error whilst running blastpgp - script terminated!Как я могу заставить PSIPRED работать? что я делаю не так? Где взять всю необходимую внешнюю программу для работы PSIPRED? Что мне не хватает?