Описание тега pydicom
NonePydicom - это чистый пакет Python для работы с файлами DICOM, такими как медицинские изображения, отчеты и объекты лучевой терапии.
1
ответ
Как заменить пиксельные данные в том же файле dicom, используя pydicom, чтобы снова прочитать его с помощью любого средства просмотра dicom?
Я хочу обработать некоторые файлы DICOM, поэтому я тестирую pydicom для моей работы, что я считаю значительно полезным. И теперь я хочу загрузить существующие файлы DICOM, заменить массив данных пикселей другим массивом пикселей (например, предварит…
19 фев '18 в 06:51
1
ответ
Чтение набора данных LIDC-IDRI в его системе каталогов?
Я работаю над проектом с использованием набора данных LIDC-IDRI, который содержит изображения легких CT, который представляет собой файл DICOM (.dcm), данные организованы в папки, в каждой папке есть изображения для одного сканирования, для пояснени…
05 июл '18 в 08:06
2
ответа
Как вызвать команду командной строки (команда AFNI)?
Я пытаюсь прочитать тег заголовка dicom в файле dicom. Теперь есть два способа прочитать этот тег заголовка dicom. 1) Использование пакета pydicom в python, который, по-видимому, не очень хорошо работает на моей установленной версии python (python 3…
16 фев '15 в 02:00
4
ответа
Использование изображений dicom с OpenCV в Python
Я пытаюсь использовать изображение dicom и манипулировать им, используя OpenCV в среде Python. До сих пор я использовал библиотеку pydicom для чтения данных изображения dicom(.dcm) и использования атрибута массива пикселей для отображения изображени…
10 дек '18 в 14:35
1
ответ
Изменение размера изображения перед преобразованием в массив
У меня есть тысячи изображений в папке. Я читаю их с pydicom как это import numpy as np import dicom folder = "/images" imgs = [dicom.read_file(folder + '/' + s) for s in os.listdir(folder)] Затем я хочу сложить все изображения в виде массива, напри…
18 янв '17 в 08:42
2
ответа
Аннотировать файлы DICOM
Я ищу приложение, как внутри, так и вне Python, которое позволит мне взять существующий файл DICOM, впоследствии добавить некоторые маркеры к медицинскому изображению (например, цветные точки) и затем сохранить координаты этих маркеров и окончательн…
04 янв '16 в 12:30
1
ответ
Ускорение извлечения координат из набора структур DICOM
С помощью numpy.reshape очень помог и используя map помог немного. Можно ли ускорить это еще? import pydicom import numpy as np import cProfile import pstats def parse_coords(contour): """Given a contour from a DICOM ROIContourSequence, returns coor…
16 апр '18 в 10:37
0
ответов
Невозможно отобразить изображение DICOM
Я пытаюсь отобразить изображение DICOM, используя pydicom, но выдает ошибку: pydicom.dcmread("/content/images/1294acv78.dcm").pixel_array Ошибка: module 'PIL.Image' has no attribute 'register_extensions' Я использовал несколько предыдущих решений, т…
08 ноя '18 в 15:24
1
ответ
Сравнение двух значений из двух разных классов "<class 'pydicom.valuerep.DSfloat'>" и <class 'numpy.ndarray'> в Python
Я хочу сравнить некоторые значения, используя "если" в коде ниже, но это не работает: if Slice_num[person][i, [1]] == Z_pos: # Slice_num[0][15, [1]] is ['-10.000000'] and Z_pos = -10.000000 absname = os.path.join(root, dcmfile) Пример: значения в пр…
16 окт '18 в 07:10
0
ответов
Как добавить состояние презентации в существующее исследование DICOM?
Я хочу добавить схему ROI к существующему исследованию DICOM для системы CAD, чтобы любой зритель DICOM мог показать цветной прямоугольник вокруг нахождения на определенных изображениях. Я думаю, что я могу сделать это с помощью Color Softcopy Prese…
02 ноя '16 в 10:27
1
ответ
TypeError: итерация по массиву 0-d с использованием numpy и pydicom
Я пытаюсь создать простую программу просмотра DICOM, в которой я строю изображение с помощью matplotlib, и я хочу показать тот же график (который является изображением DICOM) в tkinter, но когда я запускаю код, я получаю эту ошибку. пожалуйста помог…
23 фев '19 в 19:37
1
ответ
Как добавить синтаксис передачи uid к метамету набора данных
Я использую библиотеку pydicom для генерации файлов.dcm с использованием наборов данных, поступающих с компьютеров КТ и МРТ, однако в этом наборе данных тег (0002,0010) отсутствует. Поскольку у меня нет этого тега, я не могу определить синтаксис пер…
11 окт '18 в 10:00
1
ответ
AttributeError: объект 'FileDataset' не имеет атрибута 'PixelSpacing'
Я хочу преобразовать тип файла серии изображений из.dcm в.mha. Ниже приведен мой код: import numpy import pydicom import os PathDicom ='./DicomResource' lstFilesDCM = [] for dirName, subdirList, fileList in os.walk(PathDicom): for filename in fileLi…
19 июл '18 в 05:35
3
ответа
Карта (float для Resampling DICOM изображений, выдающих многозначную ошибку
Я получаю "можно только объединить список (не"MultiValue") в список", выделяя карту (часть с плавающей запятой, при запуске ниже передискретизации, этот код очень часто используется при сегментации изображений, таких как легкие и т. Д., Я думаю, воз…
23 апр '18 в 02:59
0
ответов
PyDicom - поколение оверлеев GSPS
Я пытаюсь сгенерировать файл DICOM, содержащий данные оверлея GSPS, с помощью PyDicom. Наложение - это, по сути, двоичная маска, возвращаемая алгоритмом. Предполагается, что любое приложение для просмотра сможет отображать оверлей (если поддерживает…
27 окт '17 в 06:48
3
ответа
Как получить доступ к массивам пикселей RGB из файлов DICOM, используя pydicom?
Я пытаюсь получить доступ к пиксельному массиву RGB файла DICOM с неизвестным сжатием (может быть, ни одного). Извлечение пиксельных массивов в градациях серого работает совершенно нормально. Однако, используя import dicom import numpy as np data_se…
07 мар '17 в 13:57
1
ответ
Как конвертировать DICOM из Monochrome 1 в Monochrome 2?
Я работаю над проектом с изображениями DICOM, в котором мне нужно сравнить два изображения DICOM. Проблема в том, что один в монохромном режиме 1, а другой в монохромном 2 (ноль означает белый и черный соответственно). Как я могу преобразовать эти и…
30 мар '17 в 13:46
3
ответа
Файлы DICOM, действующие из-за проблем в средствах просмотра изображений после анонимизации
Я написал свою собственную версию DICOM Anonymizer с Python. У меня есть набор тегов, которые должны быть анонимными, в том числе Frame of Reference UID, Series Instance UID а также SOP Instance UID, Изменение их на случайные значения в качестве спо…
08 июн '18 в 14:54
2
ответа
Ни один из доступных обработчиков изображений не может декодировать этот синтаксис передачи JPEG Lossless при чтении DICOM и построении графиков с использованием matplotlib
Когда я использую Pydicom в Python3.6, есть некоторые проблемы: import pydicom import matplotlib.pyplot as plt import os import pylab filePath = "/Users/zhuangrui/Documents/Python/Dicom/dicoms/zhang_bo/0001.dcm" dataSet_1 = pydicom.dcmread(filePath)…
06 июн '18 в 17:00
1
ответ
Orthanc анонимизирует файл dcm, есть ли способ напрямую конвертировать файл dcm без предварительного создания анонимизированного файла
На официальном веб-сайте Orthanc мы можем обнаружить, что Orthanc анонимизирует файл: curl http://localhost:8042/instances/6e67da51-d119d6ae-c5667437-87b9a8a5-0f07c49f/anonymize -X POST -d '{}' > Anonymized.dcm Таким образом, на этом шаге будет с…
13 ноя '18 в 10:04