Описание тега gwas
Полногеномное ассоциативное исследование
1
ответ
GWAS sommer r2 результаты
Я пытаюсь получить значения r2 для каждого маркера в GWAS, используя функцию GWAS в пакете r "sommer". Из документации я вижу, что они должны быть в объекте mix1$scores:scores Фрейм данных с таким количеством столбцов, сколько проанализировано марк…
23 мар '21 в 16:37
0
ответов
Алгоритмы выбора признаков, используемые при фильтрации значимых однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) для заданного результата
Я немного новичок в анализе типа исследования ассоциации генома (GWAS). В одном из моих проектов мне нужно выбрать наиболее значимые SNP (не семьи, а отдельные SNP) для заданной переменной результата (например:- Наличие события сердечного приступа, …
04 май '21 в 01:23
0
ответов
Как оценить фенотипические вариации, объясняемые топовыми SNP из исследования GWAS?
Я провел крупномасштабное исследование GWAS и получил несколько существенно связанных SNP. Я использовал с -lmm 1 параметры для запуска GWAS и получения и standard-errorоценки. Я хочу оценить процент фенотипических вариаций, объясняемых каждым из зн…
15 май '21 в 23:54
1
ответ
Поиск референсного аллеля для менделевской рандомизации
Я пытаюсь выполнить MR, используя сводную статистику из этого GWAS. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7026164/#MOESM1 К сожалению, сводная статистика в дополнении содержит только аллель A1 и не дает референсного аллеля A2 или EAF, и поэто…
11 июн '21 в 18:57
1
ответ
Подмножество результатов GWAS путем сопоставления столбца snp из другого файла
У меня есть файл сводной оценки GWAS со следующими столбцами ( файл 1): 1 chr1_1726_G_A 0.023 0.160 1 chr1_20184_GAATA_G 0.033 0.180 1 chr1_791101_T_TGG 0.099 0.170 файл 2 chr1_20184_GAATA_G chr1_791101_T_TGG Я хотел бы сопоставить столбец 1 файла 2…
17 июн '21 в 12:11
1
ответ
Перенос файла сводной статистики GWAS со сборки 38 на сборку 37
Я использую инструмент подъема UCSC и связанную с ним цепочку, чтобы поднять результаты моего файла сводной статистики GWAS (файл, разделенный табуляцией) от сборки 38 до сборки 37. Файл сводной статистики GWAS выглядит так: 1 chr1_17626_G_A 17626 A…
23 июн '21 в 14:07
1
ответ
набор данных 'ebicat37' не найден
Я новичок в R и Bioconductor. В настоящее время прохожу онлайн-курс edX по биокондуктору. В соответствии с инструкциями, после загрузки пакета "gwascat" при попытке загрузить данные (ebicat37) я получаю следующее сообщение: library(gwascat) gwascat …
10 июл '21 в 20:17
0
ответов
Можно ли проводить анализ GWAS/WES/WGS с ДНК из слюны в сочетании с ДНК из крови?
Можно ли проводить статистические анализы (GWAS/WES/WGS) с ДНК из слюны в сочетании с ДНК из крови? Есть ли вероятность предвзятости? Во-первых, я считаю, что ДНК = ДНК, другими словами, независимо от того, как собирается «код ДНК». Но могут возникн…
01 сен '21 в 08:38
1
ответ
Матрица дизайна для генотипов в R
Я ищу эффективный способ создания «параметризованной» матрицы дизайна для генотипов в R. У меня есть большой файл (около 3 ГБ) с животными и их генотипами. Пример данных выглядит так: snp id a1 a2 code snp1 an1 A A 0 snp1 an2 A B 1 snp1 an3 B B -1 s…
13 окт '21 в 14:32
2
ответа
Как запустить GWAS из командной строки с Plink2?
Я пытаюсь запустить GWAS в командной строке с помощью plink версии 2, однако, когда я запускаю следующую команду plink2 --file hapmap1 Я получаю следующую ошибку Error: Unrecognized flag ('--file') Я пытаюсь следовать этому руководству https://zzz.b…
15 ноя '21 в 10:37
0
ответов
Как преобразовать данные SeattleSNP в формат ввода fastPHASR?
все. Я студент четвертого курса статистики, который очень увлечен и интересуется статистической генетикой и геномикой. Я сам пробую выполнить небольшой проект по вменению, но столкнулся с проблемой. Я хочу оценить точность вменения FastPhase с небол…
15 ноя '21 в 03:56
0
ответов
Почему о SeattleSNP не так много описаний?
Когда я пытаюсь выполнить вменение с помощью SeattleSNP, я обнаружил, что в этом наборе данных нет подробного описания. Они не указали, что означает «N» и «-» в их наборе данных. Интересно, почему в этом наборе данных не так много описания и что озн…
20 ноя '21 в 08:03
0
ответов
Африканский справочник LD [закрыт]
У меня есть быстрый вопрос; Я работаю над африканским происхождением как для целевого набора данных, так и для сводной статистики. Я заметил, что в документе ldpred2 европейская ссылка на LD доступна по адресу https://doi.org/10.6084/m9.figshare.130…
29 янв '22 в 21:02
1
ответ
Изучение позиции пересечения и условного удаления строки на основе P-значений
Я работаю над пост-анализом GWAS, где я определил список независимых SNP, связанных с моей чертой. Я пытаюсь сгруппировать свой indep. SNP в локусах +- 500 КБ. Есть несколько независимых SNP, локус которых будет перекрывать друг друга, и я пытаюсь н…
06 янв '22 в 18:06
0
ответов
График Манхэттена не помечает все точки данных
У меня есть эти данные ниже называется test. Я пытаюсь построить эти данные, используя manhattanфункционировать в qqmanбиблиотека, но если вы заметили на графике, это не маркировка всех пунктов ниже Pvalue < -log10(1e-08). Что мне здесь не хватае…
12 фев '21 в 19:51
1
ответ
Интерактивный график Манхэттена со строковыми названиями хромосом
Я пытаюсь создать ManhattanPlot, используя библиотеку Dash-plotly для python: https://dash.plotly.com/dash-bio/manhattanplot У меня есть данные результатов SNP для таких растений, как пшеница, названия хромосом которых состоят из букв, например 3A, …
06 май '22 в 21:58
2
ответа
Выполнение конкатенации для всех строк
Я работаю с данными GWAS. С использованием p-linkкоманда мне удалось получить SNPslist, SNPs.map, SNPs.ped. Вот файлы данных и команды, которые у меня есть для 2 SNP ( rs6923761, rs7903146): $ cat SNPs.map 0 rs6923761 0 0 0 rs7903146 0 0 $ cat SNPs.…
20 апр '22 в 09:38
0
ответов
Не удалось найти класс внутреннего ведения журнала: java.lang.NoClassDefFoundError: org/apache/spark/internal/Logging$class
Я пытаюсь создать искровой кластер на платформе DNAnexus . Я попытался создать искровой контекст из блокнота jupyterlab. import pyspark sc = pyspark.SparkContext() spark = pyspark.sql.SparkSession(sc) Я получаю следующую трассировку стека ошибок. Py…
16 мар '22 в 11:44
0
ответов
Как извлечь список всех SNP из файла кровати с помощью Python
Я имею дело с данными GWAS, я пытаюсь извлечь список всех SNP и их значений из файла Bed с помощью компонентов Additive и Dominance, используя Python. Пожалуйста, помогите с командой Python, чтобы извлечь все идентификаторы SNP и их значения. >&g…
18 апр '22 в 05:11
0
ответов
Сведение таблицы SNP, преобразование CSV-файла в JSON с помощью Bash
Я работаю с данными GWAS. Нужна помощь. Мои данные выглядят так: IID,rs098083,kgp794789,rs09848309,kgp8300747,..... 63,CC,AG,GA,AA,..... 54,AT,CT,TT,AG,..... 12,TT,GA,AG,AA,..... . . . Как и выше, у меня всего 512 строк и 2 миллиона столбцов. Желаем…
26 апр '22 в 06:28