Перенос файла сводной статистики GWAS со сборки 38 на сборку 37

Question

Я использую инструмент подъема UCSC и связанную с ним цепочку, чтобы поднять результаты моего файла сводной статистики GWAS (файл, разделенный табуляцией) от сборки 38 до сборки 37. Файл сводной статистики GWAS выглядит так:

1 chr1_17626_G_A 17626 AG 0,016 -0,0332 0,0237 0,161 1 chr_20184_G_A 20184 AG 0,113 -0,185 0,023 0,419

Follwing - это инструмент UCSC со связанной цепочкой, которую я использую:

подъемник: http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver

файл цепочки: ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/liftOver/hg38ToHg19.over.chain.gz

Я хочу создать файл в формате кровати из сводной статистики GWAS, который является необходимым вводом для инструмента, где я хотел бы, чтобы первые три столбца были разделены табуляцией, а остальные столбцы были объединены в один столбец и разделены символом разделитель без табуляции, например "." чтобы сохранить их во время движения подъемника. Первые три столбца входного файла кровати будут:

      awk '{print chr$1, $3-1, $3}' GWAS summary stat file > ucsc.input.file

#$1 = chrx - where x is chromosome number 
#$2  position -1  for SNPs
#$3  bp position hg38 for SNPs

Вышеупомянутые три столбца являются обязательными для инструмента.

Мои вопросы: 1. Как я могу использовать разделитель без табуляции, например ":", чтобы объединить остальные столбцы файла сводной статистики GWAS в один столбец? 2. После запуска подъемника, как я могу распаковать столбцы, разделенные:?

Answer 1

Я не уверен, что это отвечает на ваши вопросы, но, пожалуйста, посмотрите.

Вы можете использовать awk для объединения нескольких столбцов с помощью

      awk '{print $1 ":" $2 ":" $3}' file

а затем скажите, что хотите заменить : вкладкой в $1 тогда ты можешь сделать

      awk -F ":" '{gsub(/:/,"\t",$1)}1' file

Это поможет?