Губбинс не может импортировать дендропию
Я использую среду миниконды с Python 3.5 для запуска Gubbins на некоторых выравниваниях фаста. Я использую RHEL6
После запуска
run_gubbins.py <myalignment.aln>
Я получаю ошибку
Traceback (most recent call last):
File "/home/cjreid/miniconda3/envs/gubbins/bin/run_gubbins.py", line 27, in <module>
from gubbins import common
File "/home/cjreid/miniconda3/envs/gubbins/lib/python3.5/site-packages/gubbins/__init__.py", line 15, in <module>
from gubbins import common
File "/home/cjreid/miniconda3/envs/gubbins/lib/python3.5/site-packages/gubbins/common.py", line 27, in <module>
import dendropy
ImportError: No module named 'dendropy'
Я проверил, что дендропия установлена в среде
# packages in environment at /home/cjreid/miniconda3/envs/gubbins:
#
biopython 1.70 np112py35_1 bioconda
certifi 2016.2.28 py35_0
dendropy 4.4.0 py_0 bioconda
fasttree 2.1.10 0 bioconda
freetype 2.5.5 2
gubbins 2.3.1 py35_1 bioconda
jbig 2.1 0
jpeg 9b 0
libgcc 5.2.0 0
libpng 1.6.30 1
libtiff 4.0.6 3
mkl 2017.0.3 0
mmtf-python 1.0.2 py35_0 bioconda
msgpack-python 0.4.8 py35_0
nose 1.3.7 py35_1
numpy 1.12.1 py35_0
olefile 0.44 py35_0
openssl 1.0.2l 0
pillow 4.2.1 py35_0
pip 9.0.1 py35_1
python 3.5.4 0
raxml 8.2.10 0 bioconda
readline 6.2 2
reportlab 3.4.0 py35_0
setuptools 36.4.0 py35_1
sqlite 3.13.0 0
tk 8.5.18 0
wheel 0.29.0 py35_0
xz 5.2.3 0
zlib 1.2.11 0
И я попытался обновить его, однако я все еще получаю ошибку
# All requested packages already installed.
# packages in environment at /home/cjreid/miniconda3/envs/gubbins:
#
dendropy 4.4.0 py_0 bioconda
Я действительно в растерянности, что делать, чтобы запустить его, любая помощь будет оценена
Ура,
кулачок