Импортируйте данные SNP в DendroPy для анализа popgen.
Я пытаюсь рассчитать популяционно-генетическую статистику с помощью DendroPy, и мне нужна помощь в чтении моих данных. У меня был файл SNP .vcf от 8 особей одного вида и одной популяции. Я преобразовал этот файл в файл Philip, чтобы иметь возможность прочитать его в DendroPy. Теперь я попытался сначала прочитать данные, используяdendropy.DnaCharacterMatrix.get, но, видимо, мне нужно две популяции, чтобы провести анализ. Чтение данных сdendropy.DataSet.getне сработало, потому что мне нужна CharDataSequence для расчета статистики.
Я работаю с этими двумя страницами документации: https://dendropy.org/primer/popgenstats.html https://dendropy.org/library/popgenstat.html#module-dendropy.calculate.popgenstat .
Я новичок в Python, поэтому любая помощь будет очень признательна!