R heatmap.2 (gplots) доступ к данным дендограммы
В R I используйте heatmap.2 (из пакета gplots) для кластеризации и визуализации некоторых данных.
Я хотел бы получить доступ к дендрограмме столбцов (кластеров) для дальнейшего манипулирования моими данными.
Например:
x = matrix(runif(250), nrow= 50) h = heatmap.2(x)
h$colDendrogram
'dendrogram' with 2 branches and 5 members total, at height 3.033438
Есть ли способ узнать индексы столбца, принадлежащего первой ветви, и тех, которые принадлежат второй (автоматическим способом; конечно, в этом простом случае я мог бы просто посмотреть на метки на оси x).
Далее, как я могу получить доступ к другим подразделам?
1 ответ
Можно использовать функцию as.hclust() и рассматривать полученный объект как объект R hclust.
Для конкретного случая, представленного в вопросе, таков доступ к дендрограмме столбца:
colhclust = as.hclust(h$colDendrogram)
groups = cutree(cl,2)
groups - вектор, содержащий группу каждого столбца;
id_g1 = which(groups == 1)
содержит индексы предметов, принадлежащих первой ветке.