Дендрограмма MATLAB Heatmap не отображает имена столбцов, когда существует много имен
У меня есть список белков и значений для каждого белка на основе трех различных экспериментальных условий (альфа, бета и гамма). Массив, содержащий значения, называется 'heatmap_data'. Название белков в массиве называется: "текст"
Я создал тепловую карту:
rows = ['ALPHA' ;'BETA '; 'GAMMA']
rowscell = cellstr(rows)
dm=DataMatrix(heatmap_data,rowscell,text);
cg = clustergram(dm,'Standardize','none');
cgAxes =plot(cg);
set(cgAxes, 'Clim', [-1,1])
Когда список белков короткий, я получил ожидаемую карту тепла, показывая метки для оси х
Однако когда список расширяется до нескольких сотен, имена исчезают.
Я понимаю, что метки могут не уместиться в короткие промежутки времени, но если бы они были написаны, я мог бы уменьшить размер шрифта или расширить дендрограмму и т. Д.
Мой вопрос: есть ли способ заставить MATLAB показывать имена столбцов, даже если они перекрываются, или функцию, которую я могу сохранить имена в том же порядке, что и дендрограмма, чтобы я мог определить, какие белки находятся в каждом кластере?
Спасибо
1 ответ
Хорошо, я нашел это: https://www.mathworks.com/help/bioinfo/ref/clustergram.html
RowLabelsValue Вектор чисел или массив ячеек векторов символов для обозначения строк в дендрограмме и тепловой карте. По умолчанию это вектор значений от 1 до M, где M - количество строк в данных. Замечания:
Если количество меток строк равно 200 или более, они не будут отображаться на графике кластерной диаграммы, если вы не увеличите масштаб графика.
Теперь, если я увеличу масштаб, я вижу имена.