Описание тега biplot

Вопросы с тегом
0 ответов

Как я могу настроить размер осей fviz_pca

Я пытаюсь расположить две оси моего биплота точно в одинаковом масштабе (т. Е. 1 см по вертикальной оси должен представлять один и тот же 1 см по горизонтальной оси). Как я могу сделать это с fviz_pca? или есть какой-то лучший пакет pca? Мой код fvi…
01 окт '18 в 08:33
0 ответов

Передать биплот на объект

Я пытаюсь передать biplot, чтобы отклонить p1, используя код ниже: biplot(sco, lam, cex=.5, main="FA2 coefficient biplot", xlab = paste("PC1 (", round(pc1*100,1), "%)"),ylab = paste("PC2 (",round(pc2*100,1),"%)")) p1<-biplot(sco, lam, cex=.5, mai…
19 ноя '18 в 04:47
1 ответ

Измените точечный ход на биплоте PCA, используя функцию автоплотинга

Я использую autoplot функция, чтобы сделать биплот PCA. В моем случае я хотел бы увеличить точечный ход, чтобы улучшить читаемость графика. Как я могу это сделать? Вот пример: library(ggfortify) df <- iris[c(1, 2, 3, 4)] autoplot(prcomp(df), data…
20 окт '18 в 22:41
1 ответ

Как сделать симпатичный биплот в R без использования внешних пакетов?

Я большой поклонник типичного R участки. Сегодня я должен сделать biplot, но типичный biplot уродливы Есть способ сделать его красивее, нарисовать эллипсы и т. Д., Не используя другие пакеты? Если это невозможно, как я могу нарисовать его в виде кла…
25 ноя '17 в 05:22
1 ответ

Добавить легенду для точечного графика (PCA)

Я новичок в Python и нашел это отличное предложение для биплота PCA ( загрузка загрузок PCA и загрузка в биплот в sklearn (как автоплот R)). Теперь я попытался добавить легенду к сюжету для разных целей. Но команда plt.legend() не работает Есть ли п…
02 июн '18 в 07:37
5 ответов

График загрузки PCA и загрузки в биплот в sklearn (как автоплот R)

Я видел этот учебник в R ж / autoplot, Они наносили на карту загрузки и метки загрузки: autoplot(prcomp(df), data = iris, colour = 'Species', loadings = TRUE, loadings.colour = 'blue', loadings.label = TRUE, loadings.label.size = 3) https://cran.r-p…
29 авг '16 в 23:55
1 ответ

Биплот корреляции и расстояния с использованием автоплота?

С примером, предоставленным R (USArrests), я хотел бы спросить, может ли кто-нибудь сказать мне, что вызывает масштабирование в автоплоте? Я знаком с биплотом расстояния и корреляции, как описано в Borcard et al. (2011). Функция autoplot делает бипл…
16 май '18 в 16:31
0 ответов

Как использовать biplot() в Matlab

Я новичок в Matlab и не знаю синтаксис достаточно хорошо, чтобы выполнить эту задачу. У меня есть набор данных, и я разделил его на данные обучения и тестирования, как показано ниже: X = csvread('mydata.csv'); flag = X(:,1); label = X(:,2); P = X(:,…
22 окт '18 в 00:26
0 ответов

Корреляционный график загрузки из PLSR с наблюдениями с использованием ggplot2

Я изучаю корреляцию между сенсорными данными и химическими измерениями, используя регрессию PLS из pls пакет. В конечном итоге я хочу отобразить результаты на графике корреляционной загрузки, как показано в примере ниже. До сих пор мне удавалось пос…
20 окт '18 в 13:51
1 ответ

Как изменить размер шрифта ярлыков видов в функции biplot() вегана

Я пытаюсь создать серию публикуемых материалов о численности насекомых в разных слоях (в кронах деревьев и подлеске) лесов. Я делаю это с помощью функции rda(). Для создания сюжета я использую веганский biplot() и сделайте пару модификаций: Family=r…
05 дек '17 в 20:19
2 ответа

R-скрытие / удаление векторов в моем биплоте с помощью PCA

Так что я просто хочу иметь возможность четко видеть точки и избавляться от векторов, потому что я их не интерпретирую, вот мой код: FrogPCA <- prcomp(FrogData[,3:12], center=TRUE, scale=TRUE) summary(FrogPCA) biplot(FrogPCA, choices = c(1,2), co…
20 фев '19 в 02:02
1 ответ

Построение биплота PCA с автоплотом: измените толщину стрелки

Я использую autoplot функция от ggfortify как показано кодом ниже с помощью iris.pca, В этом примере только три переменные (следовательно, 3 загрузки), но в моем наборе данных намного больше переменных, поэтому я хотел бы уменьшить размер стрелок, ч…
04 окт '18 в 13:45
1 ответ

Как я могу повернуть ось в биплоте

Когда я строю PCA, а затем соответствующий биплот, оси не всегда находятся в одном и том же направлении, как на этих рисунках: Эти функции я использовал: (pc <- prcomp(dat5, center=T, retx=T, scale=T)); summary(pc) plot(pc$x[,1:2], pch=""); text(…
21 ноя '18 в 13:54
1 ответ

R: Как использовать ggbiplot с объектом pcaRes? построить результаты PCA данных с пропущенными значениями

Я обычно выполняю анализ основных компонентов с prcomp функция и представить результаты причудливым способом с ggbiplot (или иначе просто с ggplot2 экстрагирование pca.obj$x). Как это: #install_github("vqv/ggbiplot") library(ggbiplot) data(iris) pca…
04 апр '18 в 02:39
1 ответ

Болты для оценки функциональных основных компонентов

Я пытаюсь получить биплоты между двумя основными компонентами F. (или гармониками). Я приведу пример из fda пакет документов разгадать загадку: library(fda) #BASIS FUNCTIONS daybasis65 <- create.fourier.basis(c(0, 365), nbasis=65, period=365) #DA…
10 май '19 в 21:59
1 ответ

Я хочу создать подмножество моего информационного кадра по тому, как субъекты группируются в биплоте

Это один из болтов, над которым я работаю. Круги представляют кластеры, из которых я хочу создать поднабор данных Если меня интересует верхний кластер, как мне выбрать данные, которые лежат в прямоугольнике -.1 <ПК1 <.1 &.8 <ПК2 <1.6…
25 июн '19 в 17:08
1 ответ

Как перекрыть два биплота с разными осями, используя ggplot2?

Я пытаюсь воссоздать следующий биплот plsr: Plsr погрузочные участки код plsr df.metric <- plsr(y ~ LMA + LDMC + Thick + Carbon + Nitrogen + Tough, scale = TRUE, validation = "LOO", method = "oscorespls", data = df) извлекать грибковые таксоны df…
24 июн '19 в 20:49
0 ответов

Как найти выбросы из биплотов PCA

Я хотел бы найти выбросы на биплотах PCA. Я хотел бы найти номер строки (имя или эквивалент) из Biplot PC1 vs PC2 для моего собственного набора данных. Например, по имени или по порядковому номеру (относящемуся к исходному набору данных) точки выбор…
30 окт '19 в 21:49
2 ответа

Интерпретация двумерного графика PCA

Мне нужно понять, что передают диаграмма рассеяния, созданная двумя основными компонентами. Я работал над набором данных "бостонское жилье" из библиотеки "sklearn.datasets". Я стандартизировал предикторы и используемый PCA из библиотеки sklearn.deco…
12 сен '19 в 01:13
0 ответов

Как раскрашивать по группам в функции biplot.pcoa()?

library(ape) library(devtools) library(factoextra) library(phyloseq) data(esophagus) > uni <- UniFrac(esophagus,weighted = FALSE) > pc <- pcoa(uni) $correction [1] "none" "1" $note [1] "There were no negative eig…
22 авг '20 в 15:42