Как раскрашивать по группам в функции biplot.pcoa()?

library(ape)
library(devtools)
library(factoextra)
library(phyloseq)

data(esophagus)
> uni <- UniFrac(esophagus,weighted = FALSE)
> pc <- pcoa(uni)
$correction
[1] "none" "1"   

$note
[1] "There were no negative eigenvalues. No correction was applied"

$values
  Eigenvalues Relative_eig Broken_stick Cumul_eig Cumul_br_stick
1   0.1470141    0.5310901         0.75 0.5310901           0.75
2   0.1298017    0.4689099         0.25 1.0000000           1.00

$vectors
        Axis.1     Axis.2
B -0.003662032  0.2941472
C -0.269272297 -0.1500536
D  0.272934329 -0.1440936

$trace
[1] 0.2768158

attr(,"class")
[1] "pcoa"

plot <- biplot.pcoa(D = uni, x = pc)

Я хочу раскрасить этот участок по таксонам. Я пробовал это сhabillage = colnames(esophagus_table) и то же самое с col = . Я тоже читал справочную страницу.

Я не знаю, как раскрашивать по группам с помощью biplot.pcoaв R. Набор данных пищевода - это объект phyloseq, который необходим для функции UniFrac. Пищевод содержит образцы и информацию о таксонах.

0 ответов

Другие вопросы по тегам