Как раскрашивать по группам в функции biplot.pcoa()?
library(ape)
library(devtools)
library(factoextra)
library(phyloseq)
data(esophagus)
> uni <- UniFrac(esophagus,weighted = FALSE)
> pc <- pcoa(uni)
$correction
[1] "none" "1"
$note
[1] "There were no negative eigenvalues. No correction was applied"
$values
Eigenvalues Relative_eig Broken_stick Cumul_eig Cumul_br_stick
1 0.1470141 0.5310901 0.75 0.5310901 0.75
2 0.1298017 0.4689099 0.25 1.0000000 1.00
$vectors
Axis.1 Axis.2
B -0.003662032 0.2941472
C -0.269272297 -0.1500536
D 0.272934329 -0.1440936
$trace
[1] 0.2768158
attr(,"class")
[1] "pcoa"
plot <- biplot.pcoa(D = uni, x = pc)
Я хочу раскрасить этот участок по таксонам. Я пробовал это сhabillage = colnames(esophagus_table)
и то же самое с col =
. Я тоже читал справочную страницу.
Я не знаю, как раскрашивать по группам с помощью biplot.pcoa
в R. Набор данных пищевода - это объект phyloseq, который необходим для функции UniFrac. Пищевод содержит образцы и информацию о таксонах.