Описание тега ggbiplot
A biplot based on ggplot2.
4
ответа
ggbiplot - как не использовать векторы признаков в сюжете
У меня есть набор данных $cell_line.sva с dim 313 11875. cc.pca <- prcomp(data$cell_line.sva, center = TRUE, scale. = TRUE, retx = TRUE) g <- ggbiplot(cc.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = as.factor(cgpResponse), ellipse = TRUE, circl…
28 ноя '14 в 19:44
3
ответа
ggbiplot удаление фона
Привет, я сделал ggbiplot с примером, приведенным в пакете. Я хотел бы знать, возможно ли убрать серый фон. library(ggbiplot) data(wine) wine.pca <- prcomp(wine, scale. = TRUE) print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = wine.…
12 дек '14 в 12:40
1
ответ
PCA prcomp: как получить график с PC1 на PC3
В моем скрипте для PCA (ниже) я всегда получаю график PC1 против PC2. mydata.pca <- prcomp(mydata.fixed, center = TRUE, scale. = TRUE) g <- ggbiplot(mydata.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = mysamples, ellipse = FALSE, circle = FALSE,…
16 янв '16 в 01:08
1
ответ
Как настроить вычисление перекрытия эллипсов в перекрытии {siar}, чтобы оно соответствовало эллипсоидам с нормальной вероятностью в ggbiplot?
Возвращаясь к этой теме, я вычислял пересечение между двумя эллипсами, например, объем пересечения между версиколором и вирджинкой: используя следующее mwe: data(iris) log.ir <- log(iris[, 1:4]) ir.species <- iris[, 5] ir.pca <- prcomp(log.…
20 май '16 в 14:52
1
ответ
ggbiplot - изменить цвет меток
По умолчанию функция ggbiplot выдает график с нагрузками в виде красных стрелок и меток блоков в черном цвете: library(ggbiplot) data("USArrests") us <- princomp(USArrests) ggbiplot(us, labels = rownames(us$scores)) является результатом этого код…
22 авг '17 в 13:15
1
ответ
ggbiplot и biplot в базе R, производящие два разных болта
ggbiplot а также biplot в базе R производят два разных болта. Я что-то здесь упускаю? Заранее спасибо за помощь. Код library(ggbiplot) p <- ggbiplot( prcomp(dat, scale. = FALSE) , obs.scale = 1 , var.scale = 1 , labels = rownames(dat) , pc.biplot…
01 авг '14 в 19:33
0
ответов
R ggbiplot - Как изменить шкалу осей в зависимости от длины нагрузок?
Я выполнил анализ PCA (по данным Iris) с помощью пакета R prcomp. Когда я отображаю результаты с использованием функции ggbiplot, масштаб осей соответствует повернутым данным (= ir_pca $ x) (см. Ссылку на изображение ниже), но я хочу, чтобы оси масш…
06 фев '18 в 18:15
1
ответ
Графическое отображение ggbiplot в группах
Я учусь с wine набор данных. Откуда R знает, что Бароло, Гриньолино и Барбера wine.class пока мы не видим столбец класса вина в наборе данных? Подробнее о wine набор данных находится в следующих ссылках ggbiplot - как не использовать векторы признак…
02 мар '16 в 20:38
1
ответ
R pca ggbiplot ошибка: замена имеет 36 строк, данные имеют 35
Я новичок в R. Я пытался использовать pca и ggbiplot для отображения результата pca, но как-то застрял с некоторыми ошибками, которые я не мог решить. Возможно, есть проблема с моими данными, так как код отлично работает с другими данными. Я помести…
09 ноя '16 в 02:26
1
ответ
Как я могу изменить легенду для ggbiplot?
На самом деле я пытаюсь построить PCA с помощью этого пакета, но когда я планирую загрузку, я не могу изменить легенду так, как мне хочется (например, если я хочу установить легенду на (+)M, она показывает что-то еще. Что я делаю так:: library(ggbip…
08 май '15 в 12:49
0
ответов
R: График подмножества основных компонентных переменных, когда у вас слишком много переменных
Я новичок в использовании Vegan для анализа на уровне экосистем. У меня есть набор данных с более чем 4000 таксонов на десяти участках, и еще один с 37 наблюдениями на основе химии со всех десяти участков. Я проанализировал оба набора данных, исполь…
23 мар '15 в 15:45
2
ответа
R: построение апостериорных вероятностей классификации линейного дискриминантного анализа в ggplot2
С помощью ggord можно провести хороший линейный дискриминантный анализ ggplot2 биплоты (см. главу 11, рис. 11.5 в книге "Биплоты на практике" М. Гринакра), как в library(MASS) install.packages("devtools") library(devtools) install_github("fawda123/g…
08 авг '15 в 13:05
2
ответа
Добавление эллипсов к графику анализа основных компонентов (PCA)
У меня возникают проблемы при добавлении группируемых переменных эллипсов поверх графика коэффициента PCA для отдельного сайта, который также включает стрелки переменного коэффициента PCA. Мой код: prin_comp<-rda(data[,2:9], scale=TRUE) pca_score…
18 дек '12 в 15:20
1
ответ
Построение PCA с использованием ggbiplot и изменение маркеров легенды
В следующей строке кода voc.pca является объектом princomp: plot <- ggbiplot(voc.pca, pc.biplot=TRUE, obs.scale=1,var.scale=1, groups=em$VALENCE) + labs(color="Valence"). Мне нужно отобразить plot В черно-белом. Поэтому мне нужно изменить 3 ключа…
26 авг '14 в 15:46
0
ответов
Как разделить размер для переменных в ggbiplot PCA
В настоящее время я выполняю PCA (анализ основных компонентов) для большого набора данных с 2000 наблюдениями и 21 переменной, 20 из этих переменных - измерения, которые я провел на окаменелостях, и последние 1 учитывают виды. 7 из наблюдений 2000 г…
23 янв '18 в 19:35
1
ответ
R ggbiplot для результатов PCA: почему результирующий график такой узкий и как настроить ширину?
Поэтому я делаю анализ PCA, и я обычно отображаю результаты с помощью ggplot2, но я недавно обнаружил, что ggbiplot может показывать стрелки с переменными. Кажется, ggbiplot работает нормально, хотя и показывает некоторые проблемы (например, невозмо…
14 сен '17 в 07:51
2
ответа
Выпуклые корпуса с ggbiplot
Основываясь на приведенной ниже справке, я безуспешно попробовал этот скрипт для построения PCA с выпуклыми оболочками, есть идеи, как я могу это решить? library(ggbiplot) library(plyr) data <-read.csv("C:/Users/AAA.csv") my.pca <- prcomp(data…
10 авг '13 в 15:04
0
ответов
Сюжет, напечатанный в ggbiplot, оказывается слишком загроможденным именами переменных
Я использую функцию ggbiplot, чтобы составить график двух основных компонентов. https://github.com/vqv/ggbiplot/blob/master/R/ggbiplot.r#L171 Я добавил изображение моего фактического графика. Как вы можете видеть здесь, имена переменных выглядят оче…
15 окт '18 в 20:20
1
ответ
ggbiplot - изменить значение осей
Текущий ggbiplot (код ниже) показывает значения оси X от -5 до 5 и ось Y от -4 до 4. Как я могу изменить его, чтобы значения оси X были от -6 до 6, а ось Y от -6 до 6?? Благодарю. Код: library(devtools) install_github("ggbiplot", "vqv") library(ggbi…
08 июн '14 в 08:52
1
ответ
prcomp и ggbiplot: недопустимое значение 'rot'
Я пытаюсь провести PCA-анализ своих данных с помощью R, и я нашел это хорошее руководство, используя prcomp а также ggbiplot, Мои данные представляют собой два типа выборок с тремя биологическими копиями каждый (т.е. 6 строк) и около 20000 генов (т.…
19 ноя '14 в 12:16