Корреляционный график загрузки из PLSR с наблюдениями с использованием ggplot2

Я изучаю корреляцию между сенсорными данными и химическими измерениями, используя регрессию PLS из pls пакет. В конечном итоге я хочу отобразить результаты на графике корреляционной загрузки, как показано в примере ниже. До сих пор мне удавалось построить график с корреляционными матрицами X и Y, но я не нашел способа уместить наблюдения на графике.

сюжет корреляции с наблюдениями] (https://www.google.no/url?sa=i&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=2ahUKEwjL8buTiZXeAhVDBiwKHSPKDWgQjhx6BAgBEAM&url=wt 2Ffeatures% 2Fpartial-наименьших квадратов регрессии & фунтов на квадратный дюйм = AOvVaw3NOfDzBjMZFcn-TXm16KaX & усть = 1540126569608484

В качестве примера я использую oliveoil набор данных из pls пакет. Я вычислил корреляционные нагрузки (используя метод, описанный здесь) и создал график корреляции, используя ggplot2 (Это можно сделать простым способом, используя plsdepot пакет, но мне нравится универсальность ggplot):

library(pls)
data("oliveoil")
oil <- plsr(sensory ~ chemical, scale = TRUE, data = oliveoil)

scores <- oil$scores
sc1 <- scores[,1]
sc2 <- scores[,2]
scores <- as.data.frame(cbind(sc1, sc2))
cl_plsr <- cor(model.matrix(oil), scores)
df_cor <- as.data.frame(cl_plsr)
df_depend_cor <- as.data.frame(cor(oliveoil$sensory, scores))
plot_loading_correlation  <-  rbind(df_cor, df_depend_cor)
plot_loading_correlation1 <- setNames(plot_loading_correlation, c("comp1", "comp2"))

#Function to draw circle
circleFun <- function(center = c(0,0),diameter = 1, npoints = 100){
  r = diameter / 2
  tt <- seq(0,2*pi,length.out = npoints)
  xx <- center[1] + r * cos(tt)
  yy <- center[2] + r * sin(tt)
  return(data.frame(x = xx, y = yy))
}

dat_plsr <- circleFun(c(0,0),2,npoints = 100)

library(ggplot2)
library(ggrepel)

p <- ggplot(data=plot_loading_correlation1, aes(comp1, comp2))+
  theme_bw() +
  geom_hline(aes(yintercept = 0), size=.2, linetype = 3)+ 
  geom_vline(aes(xintercept = 0), size=.2, linetype = 3)+
  geom_text_repel(aes(label = rownames(plot_loading_correlation1), 
              colour = c("black","black","black","black","black", 
                         "red","red","red","red","red","red")))+
  scale_color_manual(values=c("blue","red"))+
  scale_x_continuous(breaks = seq(-1,2.5, by=0.5))+
  scale_y_continuous(breaks = seq(-1.5,2.5, by=0.5))+
  coord_fixed(ylim=c(-1, 1), xlim=c(-1, 1)) + xlab("PC 1") + ylab("PC 2")+ 
  geom_path(data=dat_plsr ,
        aes(x,y), colour = "darkgrey")+
  theme(legend.title=element_blank())+
  theme(axis.ticks = element_line(colour = "black"))+
  theme(axis.title = element_text(colour = "black"))+
  theme(axis.text = element_text(color="black"))+
  theme(legend.position='none')+
  theme(panel.grid.minor = element_blank()) +
  theme(panel.grid.major = element_blank()) +
  geom_point(data = plot_loading_correlation1,
         aes(x=comp1, y=comp2), 
         colour = c("blue","blue","blue","blue","blue",
                    "red","red","red","red","red","red"), 
         shape = c(21,21,21,21,21,22,22,22,22,22,22),          
         fill = c("blue","blue","blue","blue","blue",
                  "red","red","red","red","red","red"),
         size = 2.2)
p

Корреляционный график загрузки от ggplot2 без наблюдений

Как я могу также добавить наблюдения к этому графику, как показано в примере выше? Следует ли масштабировать баллы так, чтобы они соответствовали шкале корреляционных нагрузок (от -1 до 1)? И это приемлемо с научной точки зрения?

0 ответов

Другие вопросы по тегам