Описание тега biojava
BioJava - это проект с открытым исходным кодом, предназначенный для предоставления среды Java для обработки биологических данных.
6
ответов
Каков хороший способ реализации получения консенсусной последовательности в Java?
У меня есть следующая проблема: У меня есть 2 последовательности последовательностей ДНК (состоящих из ACGT), которые отличаются в одном или двух местах. Найти различия тривиально, поэтому давайте просто проигнорируем это для каждого различия я хочу…
21 дек '11 в 13:05
1
ответ
Biojava: HET аминокислоты
Чтение структуры pdb 2a65 Я сталкиваюсь со случаем аминокислотного остатка, который следует считать "лигандом белка", а не "частью белка". В файле PDB, а также в файлах cif этот остаток LEU.601 помечен как HET, к сожалению, имея имя LEU, кажется, чт…
21 мар '16 в 10:21
2
ответа
Не удается заставить biojava работать в приложении Maven Netbeans
У меня проблема с тем, чтобы BioJava работал в приложении Netbeans RCP, созданном с использованием Maven. Я создал модуль Maven в качестве оболочки, включая пакеты org.biojava.* И org.forester.* Как общедоступные в POM. Затем из другого модуля я уст…
02 ноя '15 в 13:07
1
ответ
Объединение двух больших текстовых файлов при сравнении чисел
Я хочу сделать большой текстовый файл из данных в двух больших текстовых файлах (около 2 или 3 ГБ), используя Java. Я должен объединить эти два файла в один, сравнивая числа в этих текстовых файлах. Один файл содержит такую информацию: chr1 100 20…
09 сен '15 в 06:59
1
ответ
Как нумеровать базовые звонки на хроматограмме?
Я создал изображение хроматограммы (последовательности ДНК). Как мне поставить число над каждым базовым звонком? Я могу получить длину пикселя изображения и количество оснований. Если бы я разделил их, я бы получил среднее расстояние между базовыми …
14 фев '16 в 20:06
1
ответ
Биоинформатика - необходимо получить последовательность ATOMS
Я ищу метод в BioJava, чтобы получить последовательность Atom из файла PDB. Я наблюдал за API BioJava, но для getAtomSequence() он ловит аминокислоты. Я попробовал несколько других методов в BioJava, но ничего не получалось, как я хочу. Кто-нибудь м…
27 янв '11 в 16:57
1
ответ
Ошибка импорта пакета biojava
Я скачал файлы jar biojava и хранил их в своем классе. Я пытаюсь пример для тестирования с: http://www.biojava.org/wiki/BioJava:CookBook:Core:FastaReadWrite но это дает мне ошибку: error: package org.biojava3.core.sequence does not exist import org.…
02 ноя '13 в 06:59
1
ответ
Как я могу использовать формат mmCIF вместо PDB в BioJava?
У меня небольшая проблема... Я знаю, что для загрузки структуры PDB с использованием BioJava я должен использовать Structure s = StructureIO.getStructure("code"); Что я должен сделать, чтобы использовать файл mmCIF вместо?
22 июн '16 в 16:07
0
ответов
Последовательность выравнивания для существующего профиля
Я хотел бы спросить, возможно ли использовать последовательность добавления biojava для выхода из профиля выравнивания? Я имею в виду, что я хотел бы сохранить свой существующий профиль стабильным. Если я добавлю новую последовательность для выравни…
09 июл '14 в 10:06
2
ответа
Java Биоинформатика - получить все индексы нескольких конкретных слов в строке
У меня есть проект в моем курсе биоинформатики в университете, и одна из вещей в моем проекте - генное предсказание. Моя проблема сегодня заключается в том, чтобы получить все индексы более чем одного конкретного слова в строке. Например, в моем слу…
17 май '15 в 03:39
1
ответ
Преобразование файла формата GenBank в формат FASTA
Я новичок в Java и хочу создать программу, которая может конвертировать текстовый файл GenBank в формат FASTA. В основном будет два текстовых поля: одно, куда я буду загружать файл формата GenBank, и второе, чтобы показать преобразованный файл форма…
06 сен '12 в 15:46
2
ответа
Шаги для чтения текстового файла в определенные столбцы JTable с использованием biojava
Вот типичный ввод .txt файл (также называемый как файл fasta): > Длина contig00001 =586 numreads=4 CGGGAAATTATCcGCGCCTTCACCGCCGCCGGTTCCACCGACGAACGGATACTGCGtGaa ggCCGCGATCCCGTCggaCGGAAAaCGCCcTGGCCCGGGAaCATACCGTTCGGGCCGCCA AGTGTTATAGCCGGACCACTTGTCAGAA…
18 июн '11 в 10:22
3
ответа
Импорт биоджава орг.биджава не работает
Я пытаюсь использовать пример здесь: http://www.biojava.org/wiki/BioJava%3ACookbook%3ASeqIO%3AReadGESBiojavax Однако он не может найти импорт org.biojava, который я использовал. Я попытался загрузить и отредактировать POM.xml и добавить его в проект…
28 апр '12 в 12:59
1
ответ
Исключение в biojava в теме "main" java.lang.NoSuchMethodError:
Что не так в коде? public static void main(String[] args) throws Exception{ ArrayList<String> fileName = new ArrayList<String> (); fileName.add("2M3T.fasta.txt"); fileName.add("3LWK.fasta.txt"); ArrayList<ProteinSequence> al = new …
26 июн '14 в 13:56
1
ответ
Образец биожавы запускается с ExceptionInInitializerError
Я попытался запустить очень простой образец BioJava скопировать и вставить из Википедии. package test; import org.biojava.nbio.data.sequence.FastaSequence; import org.biojava.nbio.ronn.Jronn; public class Run { public static void main(String[] args)…
31 окт '15 в 21:13
2
ответа
Прогноз вторичной структуры биоявы
Есть ли какой-либо метод, который можно использовать в biojava для прогнозирования вторичной структуры по заданной последовательности? Или, если нет, кто-нибудь, как я могу это реализовать? любой исходный код? Любой exe, чтобы рекомендовать?
23 июл '14 в 13:42
1
ответ
Как интегрировать значения достоверности в изображения хроматограммы ДНК?
Я использую biojava для создания хроматограммы. Хроматограмма - это изображение. Каждый базовый звонок проводится в пределах прямоугольника. Чтобы получить координату x (слева): gfx.getCallboxBounds(int i).getX(); Чтобы получить ширину: gfx.getCallb…
15 фев '16 в 18:09
1
ответ
Как использовать класс из внешней библиотеки biojava
Я новичок в программировании и хотел бы использовать класс из Biojava3. В частности, метод getDNACodingSequence из класса GeneIDXMLReader. Когда я включаю оператор импорта ниже, он не компилируется. Я также пытаюсь использовать функцию поиска в ecli…
26 июл '13 в 22:43
1
ответ
java.net.SocketException: сеть недоступна (Eclipse в Windows 8)
У меня проблемы с запуском моего кода с использованием Eclipse в Windows 8. Приведенный ниже код работает гладко в Eclipse в Linux, но не в Windows 8. package first import org.biojava.bio.structure.Atom import org.biojava.bio.structure.Structure imp…
20 янв '14 в 16:26
0
ответов
Сборка BioJava 5.0 с Maven на Windows 10
На компьютере с Windows 10 с установленными Maven 3.5.3 и Eclipse (Oxygen) я пытался собрать Biojava. К сожалению, следующий вывод появился после того, как я выполнил шаги, перечисленные на сайте, http://download.eclipse.org/egit/updates/, и я не зн…
30 апр '18 в 20:18