Ошибка импорта пакета biojava

Question

Я скачал файлы jar biojava и хранил их в своем классе. Я пытаюсь пример для тестирования с: http://www.biojava.org/wiki/BioJava:CookBook:Core:FastaReadWrite

но это дает мне ошибку:

error: package org.biojava3.core.sequence does not exist   
import org.biojava3.core.sequence.ProteinSequence;

У меня есть 24 ошибки файла примера, показанного на сайте. Я сохранил файлы JAR в пути к классам. тогда почему это дало мне ошибку? Я пропустил какой-либо шаг?

Answer 1

Пожалуйста, проверьте настройки вашего classpath и версию biojava.

Я взял пример с веб-страницы в сочетании с версией 3.0.7 biojava. Вот что я сделал

• Загрузите biojava.jar

  wget http://biojava.org/download/maven/org/biojava/biojava3-core/3.0.7/biojava3-core-3.0.7.jar 
  

• Создать файл Java FastaOpen.java содержащий код взятый из вашей ссылки

• компилировать

  javac -cp .:biojava3-core-3.0.7.jar FastaOpen.java
  

• казнить

  java -cp .:biojava3-core-3.0.7.jar FastaOpen
  Exception in thread "main" java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException: 0
  at FastaOpen.main(FastaOpen.java:20)
  

Исключением является ОК, поскольку я не указал имя файла. Итак, для меня пример работает. И если я не указываю classpath во время компиляции, я получаю те же ошибки, что и вы, например:

FastaOpen.java:5: error: package org.biojava3.core.sequence does not exist
import org.biojava3.core.sequence.ProteinSequence;

Описание выше работает на Linux. В MS Windows вы должны попробовать что-то похожее на следующие команды (выпущенные в Powershell)

• компиляция

  PS > & 'C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_45\bin\javac.exe' -cp "C:\Users\stefan\Downloads\biojava3-core-3.0.7.jar" .\FastaOpen.java
  

• выполнение

  PS > & 'C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_45\bin\java.exe' -cp "C:\Users\stefan\Downloads\biojava3-core-3.0.7.jar;C:\Users\stefan\Downloads" FastaOpen
  

  (Оба файла, java source/class и jar находятся в Downloads каталог.