Прогноз вторичной структуры биоявы

Question

Есть ли какой-либо метод, который можно использовать в biojava для прогнозирования вторичной структуры по заданной последовательности?

Или, если нет, кто-нибудь, как я могу это реализовать? любой исходный код? Любой exe, чтобы рекомендовать?

Answer 1

Я не думаю, что в biojava есть предсказание вторичной структуры из последовательности. Однако существует вторичное назначение структуры с учетом структуры, основанной на алгоритме DSSP, см. https://github.com/biojava/biojava-tutorial/blob/master/structure/secstruc.md

Answer 2

Я думаю, что он недоступен в BioJava, но вы можете выполнить поиск BLAST с помощью библиотек BioJava ( http://biojava.org/wiki/BioJava:CookBook3:NCBIQBlastService) или веб-страницы RCSB, а также из своего поиска BLAST. можно найти белок с трехмерной структурой. После этого вы можете использовать suggestDomains(Structure s) метод LocalProteinDomainParser класс в org.biojava.bio.structure.domain пакет. Домены могут дать вам некоторые идеи о вторичных структурах.