Описание тега protein-database
A file containing protein sequences together with corresponding metadata
1
ответ
Создание массивов из данных в файлах и вычитание их
Я пытаюсь найти расстояние между объектами в 3D из файла базы данных белка (PDB). Файл PDB выглядит следующим образом. Пример: ATOM 1 N GLU 1 -19.992 -2.816 36.359 0.00 0.00 PROT ATOM 2 HT1 GLU 1 -19.781 -1.880 35.958 0.00 0.00 PROT ATOM 3 HT2 GLU 1…
06 окт '14 в 14:44
1
ответ
Ошибка загрузки pdb из банка протеиновых данных с использованием биопиона
Некоторые pdbs не могут быть загружены из PDB с использованием биопиона, хотя они существуют в PDB. Это генерирует ошибку. Этот код используется для загрузки pdb (2j8e). Не удалось загрузить, однако он работает для других pdbs. Python 2.7.4 (default…
07 окт '14 в 07:43
0
ответов
Сценарий Modeller build_profile.py не получает правильный вывод
9 для моделирования структуры белка, по тому, как он работает на python2.3, я делал установку ранее, когда я запускаю сценарий, вывод не имеет значения, это должна быть aligment всех последовательностей белка, а y получает только первую последовател…
04 авг '11 в 23:04
1
ответ
Рассматривая результаты алгоритмов кластеризации в сетях взаимодействия белков
Я работаю над проектом, включающим кластеризацию сетей взаимодействия с белками, сделав несколько алгоритмов кластеризации на графиках взаимодействующих белков, и я несколько озадачен тем, как бы я сейчас понял, насколько хороши созданные кластеры и…
10 дек '15 в 20:23
2
ответа
Выровнять положение символа выравнивания
Я использую попарное выравнивание, чтобы получить следующее: > alignment <-pairwiseAlignment(pattern = canonical.protein, subject=protein.extracted) > alignment Global PairwiseAlignedFixedSubject (1 of 1) pattern: [448] DDWEIPDGQITVGQRIGSGS…
03 июн '12 в 18:16
1
ответ
Как удалить строки, которые соответствуют элементам из другого файла
Я нахожусь в процессе изучения Perl и пытаюсь понять, как выполнить эту задачу. У меня есть папка с кучей текстовых файлов, и у меня есть файл ions_solvents_cofactors который содержит список из трех букв. Я написал скрипт, который открывает и читает…
09 янв '18 в 10:43
1
ответ
Загрузка файлов PDB из BindingDB
Я пытаюсь найти способ загрузки файлов белков PDB с использованием BindingDB. У меня есть файл с разными идентификаторами BindingDB, и я хочу загрузить файлы PDB для каждого лиганда, который связывается с белком для каждого идентификатора. Я использ…
03 дек '17 в 01:14
2
ответа
Извлечение очень похожих белков из баз данных белков
Как я могу получить из базы данных PDB очень сильно похожие структуры? Скажем, 98% или выше последовательность аналогичных структур?
30 сен '13 в 17:13
0
ответов
Как распаковать папку, полную.gz файлов, используя python? Или другой метод, который будет работать на Windows?
У меня есть папка, полная файлов банка данных белка, которые сохранены как.gz. Например, "1AG9.pdb1.gz", и мне нужно превратить их всех в "1AG9.pdb1". Я могу сделать это по одному, используя этот код: import gzip import shutil with gzip.open('1AG9.p…
23 янв '19 в 19:35
1
ответ
Прогнозирование пептидного сигнала с использованием машинного обучения
Кто-нибудь может подсказать мне, как я могу предсказать сигнальный пептид из последовательности белка, используя технику машинного обучения? Любое руководство, справочник или учебник будет очень полезным. Заранее спасибо.
18 ноя '18 в 08:56
0
ответов
Как прочитать конкретные атомные координаты из файла PDB, используя C
#include<stdio.h> #include<string.h> #include<stdlib.h> int main() { FILE *pdb; pdb=fopen("5an3.pdb", "r"); if(feof(pdb)) { fprintf(stderr,"File reading error!!! Probably your PDB file doesn't contain anything or poorly formatted\n…
08 фев '17 в 11:34
1
ответ
Как я вызываю написать функцию Python без предварительного открытия файла?
Я использую python2.7 и написал несколько функций для анализа файлов структуры белка, которые я сохранил как pdbtools.py. Одна из функций, например, getprot(), которая позволяет мне извлекать структуры белка из базы данных. После того, как я открою …
01 май '14 в 14:06
2
ответа
Сортировка данных с использованием ключа в Python
Я получил формат данных, как: ATOM 124 N GLU B 12 ATOM 125 O GLU B 12 ATOM 126 OE1 GLU B 12 ATOM 127 C GLU B 12 ATOM 128 O GLU B 14 ATOM 129 N GLU B 14 ATOM 130 OE1 GLU B 14 ATOM 131 OE2 GLU B 14 ATOM 132 CA GLU B 14 ATOM 133 C GLU B 15 ATOM 134 CA …
09 авг '15 в 05:30
1
ответ
Как анализировать файлы PQR с помощью Biopython
Я хотел бы включить Biopython для чтения файлов PQR (измененные файлы PDB с заполнением и коэффициентом B, замененными зарядом и радиусом атома). Синтаксическому анализатору Biopython PDB не удается прочитать Bfactor, поскольку он получает значение …
13 ноя '12 в 15:29
1
ответ
Словарь ключ из файла pdb
Я пытаюсь просмотреть файл.pdb, вычислить расстояние между альфа-атомами углерода из разных остатков в цепочках A и B белкового комплекса, а затем сохранить расстояние в словаре вместе с идентификатором цепи и номером остатка. Например, если первый …
22 ноя '16 в 00:04
2
ответа
У меня есть файл последовательности белка, я хочу посчитать тримеры в нем, используя sed или grep
У меня есть файл последовательности белка в следующем формате uniprotID\space\sequence последовательность - строка любой длины, но только с 20 разрешенными буквами, т.е. ARNDCQEGHILKMFPSTWYV Пример 1 записи Q5768D AKCCACAKCCAC Я хочу создать CSV-фай…
18 июл '15 в 19:05
2
ответа
Извлечение последовательностей ДНК из базы данных последовательностей белков?
У меня есть тысячи белковых последовательностей в FASTA и их номера доступа. Я хочу вернуться ко всей базе данных о дробовиках генома и получить все последовательности ДНК, которые кодируют белок, идентичный одному в моем списке исходных последовате…
05 дек '14 в 16:51
1
ответ
Дает ли класс DSSP биопиона относительное значение доступности растворителя для аминокислот?
Я хотел бы иметь относительную доступность аминокислот в белке с помощью растворителя, в настоящее время используя модуль биопиона DSSP. Я не уверен, имеет ли выход rsa (относительная доступность растворителя) или его нужно рассчитать? Любая помощь …
30 июн '15 в 17:37
2
ответа
Извлечение столбцов из текстового файла банка данных белка (PDB)
Я хочу построить сюжет с Matplotlib на Python и, следовательно, прочитать некоторые данные из PDB-файла (банка данных белка). Я хочу извлечь каждый столбец из файла и сохранить эти столбцы в отдельных векторах. PDB-файл состоит из столбцов с текстом…
18 мар '15 в 21:54
2
ответа
Коммерческие базы данных искусны в хранении биологических последовательностей
Какие коммерческие базы данных отлично подходят для хранения биологических последовательностей, таких как последовательность белка / ДНК? Есть ли какие-либо, которые были разработаны специально для хранения таких последовательностей? ура
04 фев '10 в 17:47