Преобразование файла формата GenBank в формат FASTA
Я новичок в Java и хочу создать программу, которая может конвертировать текстовый файл GenBank в формат FASTA. В основном будет два текстовых поля: одно, куда я буду загружать файл формата GenBank, и второе, чтобы показать преобразованный файл формата FASTA.
Это файл формата GenBank:
LOCUS AB000263 368 bp mRNA linear PRI 05-FEB-1999
DEFINITION Homo sapiens mRNA for prepro cortistatin like peptide, complete
cds.
ACCESSION AB000263
ORIGIN
1 acaagatgcc attgtccccc ggcctcctgc tgctgctgct ctccggggcc acggccaccg
61 ctgccctgcc cctggagggt ggccccaccg gccgagacag cgagcatatg caggaagcgg
121 caggaataag gaaaagcagc ctcctgactt tcctcgcttg gtggtttgag tggacctccc
181 aggccagtgc cgggcccctc ataggagagg aagctcggga ggtggccagg cggcaggaag
241 gcgcaccccc ccagcaatcc gcgcgccggg acagaatgcc ctgcaggaac ttcttctgga
301 agaccttctc ctcctgcaaa taaaacctca cccatgaatg ctcacgcaag tttaattaca
361 gacctgaa
//
и соответствующий ему файл формата FASTA:
>AB000263 |acc=AB000263|descr=Homo sapiens mRNA for prepro cortistatin like peptide, complete cds.|len=368
ACAAGATGCCATTGTCCCCCGGCCTCCTGCTGCTGCTGCTCTCCGGGGCCACGGCCACCGCTGCCCTGCC
CCTGGAGGGTGGCCCCACCGGCCGAGACAGCGAGCATATGCAGGAAGCGGCAGGAATAAGGAAAAGCAGC
CTCCTGACTTTCCTCGCTTGGTGGTTTGAGTGGACCTCCCAGGCCAGTGCCGGGCCCCTCATAGGAGAGG
AAGCTCGGGAGGTGGCCAGGCGGCAGGAAGGCGCACCCCCCCAGCAATCCGCGCGCCGGGACAGAATGCC
CTGCAGGAACTTCTTCTGGAAGACCTTCTCCTCCTGCAAATAAAACCTCACCCATGAATGCTCACGCAAG
TTTAATTACAGACCTGAA
Может ли кто-нибудь помочь мне советом о том, как или код для обрезки файла GenBank и отображать его во втором текстовом поле с помощью нажатой кнопки.
Я использую NetBeans 6,9.
1 ответ
Я не использовал его, но проект BioJava содержит код для чтения файла GenBank, который может содержать более одной последовательности. Для отображения см. Как напечатать последовательность в формате Fasta.