Не удается заставить biojava работать в приложении Maven Netbeans

У меня проблема с тем, чтобы BioJava работал в приложении Netbeans RCP, созданном с использованием Maven. Я создал модуль Maven в качестве оболочки, включая пакеты org.biojava.* И org.forester.* Как общедоступные в POM. Затем из другого модуля я установил обертку как зависимость и использую некоторые базовые примеры из кулинарной книги BioJava для тестирования.

Всякий раз, когда я пытаюсь создать экземпляр объекта класса из BioJava, приложение зависает, и мне приходится убивать его с помощью диспетчера задач Windows.

Вот файл pom оболочки:

    <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd">
    <modelVersion>4.0.0</modelVersion>
    <parent>
        <groupId>nl.hecklab.bioinformatics</groupId>
        <artifactId>Spider-parent</artifactId>
        <version>1.0.0</version>
    </parent>
    <artifactId>BiojavaWrapper</artifactId>
    <version>4.1.0</version>
    <packaging>nbm</packaging>
    <build>
        <plugins>
            <plugin>
                <groupId>org.codehaus.mojo</groupId>
                <artifactId>nbm-maven-plugin</artifactId>
                <extensions>true</extensions>
                <configuration>
                    <useOSGiDependencies>true</useOSGiDependencies>
                    <publicPackages>
                        <publicPackage>org.biojava.*</publicPackage>
                        <publicPackage>org.forester.*</publicPackage>
                    </publicPackages>
                </configuration>
            </plugin>
            <plugin>
                <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
                <artifactId>maven-jar-plugin</artifactId>
                <configuration>
                    <useDefaultManifestFile>true</useDefaultManifestFile>
                </configuration>
            </plugin>
        </plugins>
    </build>
    <dependencies>
        <dependency>
            <groupId>org.biojava</groupId>
            <artifactId>biojava-alignment</artifactId>
            <version>4.1.0</version>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>org.slf4j</groupId>
            <artifactId>slf4j-api</artifactId>
            <version>1.7.12</version>
        </dependency>
    </dependencies>
    <properties>
        <project.build.sourceEncoding>UTF-8</project.build.sourceEncoding>
    </properties>
</project>

Вот код, который я пытаюсь заставить работать. Это просто очень грубый пример, вызываемый кнопкой TopComponent. Ввод и вывод - это просто текстовые поля.

private void jButton1ActionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt) {                                         

    Reader r = new Reader(new File("D:\\current\\fastafile.fasta"));
    for (ProteinSequence a : r.getSequences()) {
        input.append(a.toString());
    }
    Profile<ProteinSequence, AminoAcidCompound> profile = Alignments.getMultipleSequenceAlignment(r.sequences);
    output.setText(String.format("Clustalw:%n%s%n", profile));

    ConcurrencyTools.shutdown();


}     

Вот класс читателя:

public class Reader {

    List<ProteinSequence> sequences = new ArrayList<>();

    public Reader(File fastaFile) {

        try {

            FileInputStream inStream = new FileInputStream(fastaFile);
            FastaReader<ProteinSequence, AminoAcidCompound> fastaReader
                    = new FastaReader<>(
                            inStream,
                            new GenericFastaHeaderParser<ProteinSequence, AminoAcidCompound>(),
                            new ProteinSequenceCreator(AminoAcidCompoundSet.getAminoAcidCompoundSet()));
            LinkedHashMap<String, ProteinSequence> b = fastaReader.process();

            sequences.addAll(b.values());
        } catch (IOException ex) {
            Logger.getLogger(Reader.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
        }

    }

    public List<ProteinSequence> getSequences() {
        return sequences;
    }

}

В IDE (Netbeans) классы обнаруживаются и используются при автозаполнении, и проект строится успешно, в каждом случае это указывает на то, что в основном зависимости установлены правильно.

2 ответа

Решение

Я много занимался поиском и обнаружил, что настоящий виновник - slf4j, который используется во всей BioJava. Я не знаю, почему оно замораживает приложение платформы, но я могу заставить мой модуль не устанавливаться, создав в нем регистратор slf4j. Я видел решение онлайн для модуля оболочки, и оказалось, что достаточно создать оболочку для org.slf4j:slf4j-api:x.y.z вместе с org.slf4j:slf4j-jdk14:x.y.z, добавлять org.slf4j.* для публичных пакетов. Вот POM:

<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd">
<modelVersion>4.0.0</modelVersion>
<parent>
    <groupId>group</groupId>
    <artifactId>parent-project</artifactId>
    <version>1.0.0</version>
</parent>
<artifactId>slf4jwrapper</artifactId>
<packaging>nbm</packaging>
<build>
    <plugins>
        <plugin>
            <groupId>org.codehaus.mojo</groupId>
            <artifactId>nbm-maven-plugin</artifactId>
            <extensions>true</extensions>
            <configuration>
                <publicPackages>
                    <publicPackage>org.slf4j.*</publicPackage>
                </publicPackages>
            </configuration>
        </plugin>
        <plugin>
            <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
            <artifactId>maven-jar-plugin</artifactId>
            <configuration>
                <useDefaultManifestFile>true</useDefaultManifestFile>
            </configuration>
        </plugin>
    </plugins>
</build>
<dependencies>
    <dependency>
        <groupId>org.netbeans.api</groupId>
        <artifactId>org-netbeans-api-annotations-common</artifactId>
        <version>${netbeans.version}</version>
    </dependency>
    <dependency>
        <groupId>org.slf4j</groupId>
        <artifactId>slf4j-api</artifactId>
        <version>1.7.7</version>
    </dependency>
    <dependency>
        <groupId>org.slf4j</groupId>
        <artifactId>slf4j-jdk14</artifactId>
        <version>1.7.7</version>
    </dependency>
</dependencies>
<properties>
    <project.build.sourceEncoding>UTF-8</project.build.sourceEncoding>
</properties>

Затем оболочку следует использовать в зависимых от BioJava модулях, но она должна работать и для других модулей, в зависимости от slf4j.

Прежде всего, проверьте манифест модуля оболочки, чтобы увидеть, все ли записи сгенерированы правильно, тем более что вы определяете useOSGiDependencies==true. Возможно, что jar-файлы biojava содержат заголовки osgi, и тогда вы не заключаете jars в модуль, а объявляете зависимость от плагина osgi.

Однако блокировка приложения - это странно, если бы что-то не так с зависимостями времени выполнения, я бы ожидал раннюю ошибку "неудовлетворенных зависимостей". Возможно, вы захотите создать дамп потока и проверить, что происходит. Может быть, у вас тупик. Или, поскольку ваше действие (jButton1ActionPerformed) вызывается из AWT, возможно, все чтение занимает время, и ваш поток пользовательского интерфейса заблокирован.

Другие вопросы по тегам