Исключение в biojava в теме "main" java.lang.NoSuchMethodError:

Question

Что не так в коде?

  public static void main(String[] args) throws Exception{


    ArrayList<String> fileName = new ArrayList<String> ();
    fileName.add("2M3T.fasta.txt");
    fileName.add("3LWK.fasta.txt");
    ArrayList<ProteinSequence> al = new ArrayList<ProteinSequence>();
    ArrayList<ProteinSequence> all =  new ArrayList<ProteinSequence>();
    for (String fn : fileName)
    {
    al = getProteinSequenceFromFasta(fn);
    all.add(al.get(0));
    for  (ProteinSequence s : al)
    {
        System.out.println(s);
    }
    }
    Profile<ProteinSequence, AminoAcidCompound> profile = Alignments.getMultipleSequenceAlignment(all);
    System.out.printf("Clustalw:%n%s%n", profile);
    ConcurrencyTools.shutdown();
    }
    //for (int i=0;i<sequence.size();i++)
    //  System.out.println(sequence);


public static ArrayList<ProteinSequence> getProteinSequenceFromFasta(String file) throws Exception{

    LinkedHashMap<String, ProteinSequence> a = FastaReaderHelper.readFastaProteinSequence(new File(file));
    //sztuczne
    ArrayList<ProteinSequence> sequence =  new ArrayList<ProteinSequence>(a.values());


    return sequence;
}

}

GSKTGTKITFYEDKNFQGRRYDCDCDCADFHTYLSRCNSIKVEGGTWAVYERPNFAGYMYILPQGEYPEYQRWMGLNDRLSSCRAVHLPSGGQYKIQIFEKGDFSGQMYETTEDCPSIMEQFHMREIHSCKVLEGVWIFYELPNYRGRQYLLDKKEYRKPIDWGAASPAVQSFRRIVE SMSAGPWKMVVWDEDGFQGRRHEFTAECPSVLELGFETVRSLKVLSGAWVGFEHAGFQGQQYILERGEYPSWDAWGGNTAYPAERLTSFRPAACANHRDSRLTIFEQENFLGKKGELSDDYPSLQAMGWEGNEVGSFHVHSGAWVCSQFPGYRGFQYVLECDHHSGDYKHFREWGSHAPTFQVQSIRRIQQ Исключение в потоке "основного" java.lang.NoSuchMethodError: org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.addAsChild(Lorg/ Лесник / Филогения /PhylogenyNode;) В при org.forester.evoinference.distance.NeighborJoining.execute(NeighborJoining.java:127) в org.biojava3.alignment.GuideTree.(GuideTree.java:88) в org.biojava3.alignment.Alignments.getMultipleSequenceAlignment(Alignments.java:183) в Fasta.main(Fasta.java:42)

Answer 1

Проблема в том, что вы используете неправильную версию Forester.

Согласно файлу Maven pom, Biojava 3.08 зависит от forester 1.005, в то время как последняя версия forester на его кодовой странице Google - 1.028.

Вероятно, также лучше получить банку из репозитория Biojava Maven, чтобы убедиться, что используются правильные версии.

скачать банку с этого URL:

http://biojava.org/download/maven/org/forester/1.005/