ape package - распечатать сгенерированное дерево

Question

Я использую ape пакет в R для генерации филогенетических деревьев. Я хотел бы распечатать сгенерированное дерево в формате png, чтобы я мог передать изображение на веб-сайт. Я не могу найти команды для печати сгенерированного дерева (если это возможно). Некоторые советы / понимание будут оценены.

Answer 1

Похоже, вы ищете метод plot для деревьев (объекты класса "phylo"), например:

library(ape)
tt <- rcoal(10)
png("phylo1.png")
plot(tt)
dev.off()

?plot.phylo дает информацию о многих, многих вариантах для настройки сюжета.

Есть еще варианты для построения графика, например, из виньетки для пакета филограммы:

Деревья с качеством публикации могут быть сгенерированы из объектов дендрограммы с использованием функции построения графика stats plot.dendrogram и обширных функций построения графиков, доступных в пакетах, улучшающих дендрограмму, таких как circlize (Z. Gu et al. 2014) и dendextend (Galili 2015). Последний также предлагает возможность конвертировать дендрограммы в объекты "ggdend", для которых доступно множество мощных функций построения "грамматики графики" в пакетах ggplot2 (Wickham 2009) и ggdendro (DeVries и Ripley 2016). Более того, в пакете ape есть несколько расширенных возможностей построения графиков для "филологических" объектов (E. Paradis, Claude и Strimmer 2004), которые доступны здесь для объектов дендрограмм через функции импорта / экспорта Newick read.dendrogram и write.dendrogram...