Как можно проанализировать черту, где у меня есть данные о нескольких людях на каждом конце моего филогенетического дерева?

Question

Я новичок в филогенетических анализах, и я использую ape библиотека для анализа нейроанатомических признаков 34 приматов из 28 различных видов. Я использовал 10ktrees, чтобы получить консенсусное филогенетическое дерево (с 28 советами). Однако я не могу объединить фенотипы и дерево, потому что количество наблюдений не совпадает с количеством подсказок. Должен ли я использовать политомию для разделения наконечника на несколько предметов?

Это мой код до сих пор:

tree <- read.nexus("10ktree.nex")
pheno <- read.csv("pheno.csv")
BrainVolume <- pheno$BrainVolume
names(BrainVolume) <- pheno$GenBank.Name
pic.BrainVolume <- pic(BrainVolume, tree)

И я получаю следующую ошибку:

Error in pic(BrainVolume, tree) : 
  length of phenotypic and of phylogenetic data do not match

Спасибо за помощь!

Answer 1

Как я сказал в комментарии, глава 6.1.10 "Внутривидовые вариации" во 2-м издании (2012 г.) книги Эммануэля Парадиса "Анализ филогенетики и эволюции с помощью R" содержит информацию именно по этому вопросу. В главе рассматриваются несколько методов. Это один из методов, основанный на Felsenstein (2008), который распространяет метод филогенетического контраста одного человека на вид для нескольких индивидуумов.

Индивидуальный для каждого вида призыв к рис pic.BrainVolume <- pic(BrainVolume, tree), где BrainVolume это вектор. Для подхода нескольких лиц BrainVolume должен быть списком, в котором некоторые записи могут иметь вектор, представляющий значения нескольких особей одного и того же вида. Я создал "сгруппированную" версию моего оригинала pheno использование файла

grouped<-split(pheno,pheno$GenBank.Name)

Следующий, lapply составить список для BrainVolume фенотип:

BrainVolume<-lapply(grouped,"[[","BrainVolume")

И, наконец, используйте pic.ortho функция, которая реализует метод Фельзенштейна:

pic.SA<-pic.ortho(SA,tree,intra=TRUE)

Полученные контрасты можно использовать как с оригинальными pic команда.

Ссылка

Felsenstein J (2008) "Сравнительные методы с ошибкой выборки и внутривидовой изменчивостью: контрасты пересмотрены и пересмотрены" American Naturalist 171: 713--725