Описание тега vmd
VMD - это программа молекулярной визуализации для отображения, анимации и анализа больших биомолекулярных систем с использованием трехмерной графики и встроенных сценариев. VMD поддерживает компьютеры под управлением MacOS X, Unix или Windows, распространяется бесплатно и включает исходный код.
0
ответов
Окрашивание отдельных изоповерхностей в VMD вне предопределенных цветов
Как можно раскрасить несколько изоповерхностей разными цветами в сценарии TCL VMD, не используя предопределенные цвета (например, голубой, салатовый, лиловый и т. Д.)? В идеале это подразумевает использование цветов RGB и не может включать изменение…
10 фев '18 в 06:35
0
ответов
Установка VMD с поддержкой Python на MAC
Я пытался установить VMD1.9.2 на Macbook с поддержкой Python, но не смог. Мне кажется, что упакованный файл.dmg для VMD поставляется без поддержки Python. Я использовал команду vmdinfo options чтобы найти варианты, с которыми установлено мое VMD, и …
22 авг '15 в 15:06
0
ответов
Как я могу объединить 2 файла траектории dcd?
Поэтому я нахожусь в ситуации, когда мои 2 цепочки (2 белка) из одной и той же симуляции находятся отдельно в 2 файлах DCD, каждый из которых имеет 2000 кадров. Я хотел объединить эти 2 файла DCD в один файл DCD (который будет иметь в общей сложност…
09 сен '17 в 18:09
1
ответ
Как загрузить файлы.prmtop и.crd из Amber с помощью MDAnalysis?
Я пытаюсь загрузить .crd файл из Amber, но это не удается, потому что он не в формате ожидаемого MDAnalysis (см. ошибку в конце): topology = 'top.prmtop' trajectory = 'amberOut.crd' u = MDAnalysis.Universe(topology, trajectory) Я видел эту ветку, а …
07 фев '18 в 17:16
1
ответ
Как я могу нарисовать больше, чем один блок pbc на VMD?
Прямо сейчас у меня есть: pbc box -color black -width 1 pbc set {4.541 4.541 6.463 69.5 69.5 90} Как я могу сделать другой?
18 фев '19 в 10:52
0
ответов
Матрица вращения лиганда в vmd
Я пытаюсь получить матрицу вращения лиганда, чтобы найти углы Эйлера с помощью программного обеспечения VMD. Используя команду измерения инерции, я могу получить главные оси вращения. Как сформировать матрицу вращения из нормализованных главных осей…
08 июн '18 в 17:45
2
ответа
vmd не открывается с именем файла в аргументе командной строки в Mac OS X
Я недавно перешел с Linux на Mac OS. Я установил VMD в этой новой машине. VMD просто загружается без какой-либо молекулы, когда я набираю следующее: vmd protein.gro Этот *.gro файл содержит молекулу белка. Я хочу открыть этот файл как в Linux: *appl…
07 апр '17 в 22:29
1
ответ
Что означает.r?
Я делаю этот урок, который о сценариях в VMD с использованием TCL. В 7-й точке на шаге 5, что означает ".r" в simdata($i.r) имею в виду?
09 июл '15 в 09:52
1
ответ
Ошибка Tcl # args: должно быть "set varName? NewValue?"
Я попытался запустить следующий сценарий Tcl и получил ошибку: wrong # args: should be "set varName ?newValue?" Что это значит? Примечание. В сценарий включены термины, относящиеся к программе VMD. set dir plugins/noarch/tcl/vmdICE1.0 source $dir pk…
03 июл '18 в 12:30
0
ответов
Невозможно визуализировать как в VMD, так и в xmgrace
Я новичок в вычислительной биологии. Я использую гримасы для симуляции белка. Я попытался визуализировать белок в VMD, но не получилось. VMD открывается, но когда я выбираю файл.pdb и нажимаю на кнопку загрузки, я не вижу белок. Точно так же я мог б…
08 сен '15 в 14:59
0
ответов
Ошибка компиляции vmd: ld не может найти tcl8.5
При компиляции VMD-1.92 из исходного кода в разделе компиляции плагинов выдается ошибка: /bin/ld: cannot find -ltcl8.5 collect2: error: ld returned 1 exit status Reaping losing child 0x2094ac0 PID 10626 Makefile:49: recipe for target '../compile/lib…
04 мар '16 в 16:36
1
ответ
Как правильно установить представления в.vmdrc для VMD
Я пытаюсь настроить представления по умолчанию при загрузке, и в настоящее время добавил следующее в файл.vmdrc по умолчанию. display depthcue off color Display Background white display projection orthographic mol default color {index} mol default s…
14 янв '19 в 19:25
1
ответ
Распределение радиальной плотности по траектории МД
У меня есть траектория молекулярной динамики мицеллы в водном ящике. Для каждого кадра я хочу получить центр масс (СОМ) мицеллы и рассчитать плотность молекул воды от СОМ к сторонам водяного бокса. Кто-нибудь знает, каков наилучший способ сделать эт…
28 мар '16 в 15:33
0
ответов
Как заставить 2 подпрограммы Fortran иметь одинаковый выходной файл?
Мне нужен код для записи данных двух кругов, чтобы экспортировать их в виде анимации (vmd). Это должно дать мне около 6000 данных (3000 за круг). Когда я запускаю программу, она записывает только данные первого круга. Как мне записать два набора дан…
10 сен '18 в 05:07
1
ответ
История команд в текстовом режиме Vmd
Как активировать историю команд или автозаполнение в текстовом режиме VMD (оболочка vmd) vmd > Я использую его в Linux Ubuntu, когда я использую клавиши со стрелками, он печатает такие символы, как ^[[A,
30 авг '17 в 08:35
3
ответа
Написание скриптов Python или TCL VMD
Кто-нибудь знает полное руководство, чтобы узнать о написании скриптов Python или TCL? Я хочу написать скрипт для загрузки молекулы, сделать 3 представления о ней, а также изменить атрибуты (например, метод окраски, метод рисования, значение и т. Д.…
08 мар '15 в 22:14
0
ответов
Atlassian Confluence: загрузка макроса в файл Velocity .vmd не работает, но у меня правильное имя. Проблема?
Я установил плагин "Поля страницы для слияния". Но я хочу загрузить макрос "page-field-value-by-name" в файл Velocity .vmd, и это не работает. Я сделал это так в файле шаблона "page.vmd": $helper.renderConfluenceMacro("{page-field-value-by-name:fiel…
11 окт '18 в 10:40
2
ответа
Загрузите несколько кадров в файл psf в VMD
Как я могу открыть psf-файл в vmd, а затем загрузить для этого psf-файла несколько кадров (dcd-файлов), используя только линейные команды? У меня есть сотни dcd-файлов, и я не хочу делать это вручную.
11 авг '15 в 07:42
2
ответа
Ошибка Tcl: неправильно # args: должно быть "set varName? NewValue?"
Я попытался запустить следующий сценарий Tcl и получил ошибку: неправильно # args: должно быть "set varName? NewValue?" Что это значит? Примечание. Сценарий включает в себя термины, относящиеся к программе VMD, такие как мол и остаток. Пожалуйста, н…
04 дек '15 в 18:56
1
ответ
VMD прекращает моделирование до завершения
Я пытаюсь запустить симуляцию 1 нс с использованием VMD/NAMD поверх моей симуляции 200 пс, поэтому я настроил программу на запуск 800000 с временным шагом 1. Однако на следующий день (это заняло около 12 часов) это было завершено., но у меня было вс…
02 ноя '16 в 18:39