Загрузите несколько кадров в файл psf в VMD

Question

Как я могу открыть psf-файл в vmd, а затем загрузить для этого psf-файла несколько кадров (dcd-файлов), используя только линейные команды? У меня есть сотни dcd-файлов, и я не хочу делать это вручную.

Answer 1

Я бы порекомендовал использовать catdcd для объединения файлов dcd. http://www.ks.uiuc.edu/Development/MDTools/catdcd/

Тогда вы можете просто загрузить один гигантский файл DCD с вашим файлом PSF.

Чтобы использовать catdcd:catdcd -o output_file.dcd file1.dcd file2.dcd ... last_file.dcd

Answer 2

Вы пробовали со следующим? mol new yourfile.psf waitfor all mol addfile yourfile1.dcd waitfor all mol addfile yourfile2.dcd waitfor all ... mol addfile yourfileN.dcd waitfor all

если у вас есть сотни dcd-файлов, вы можете создать список команд vmd, используя что-то вроде следующего в оболочке bash: for i in *dcd ; do printf "mol addfile %s waitfor all\n" $i ; done > your_vmd_script.tcl

и источник, что после того, как вы открыли свой psf в vmd: mol new yourfile.psf waitfor all source your_vmd_script.tcl

но убедитесь, что объем загружаемых данных не превышает объем памяти вашей системы, в противном случае он начнет переключаться на диск и перестанет отвечать на запросы.