VMD - это программа молекулярной визуализации для отображения, анимации и анализа больших биомолекулярных систем с использованием трехмерной графики и встроенных сценариев. VMD поддерживает компьютеры под управлением MacOS X, Unix или Windows, распространяется бесплатно и включает исходный код.

VMD предназначен для моделирования, визуализации и анализа биологических систем, таких как белки, нуклеиновые кислоты, липидные двухслойные сборки и т. Д. Его можно использовать для просмотра более общих молекул, поскольку VMD может считывать и отображать стандартные файлы банка данных белков (PDB). содержащаяся структура. VMD предоставляет широкий спектр методов для рендеринга и окраски молекулы: простые точки и линии, сферы и цилиндры из CPK, связки солодки, магистральные трубки и ленты, рисунки из мультфильмов и другие. VMD можно использовать для анимации и анализа траектории моделирования молекулярной динамики (МД). В частности, VMD может действовать как графический интерфейс для внешней программы MD путем отображения и анимации молекулы, моделируемой на удаленном компьютере.

Домашняя страница VMD: http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

Главный разработчик - Университет Иллинойса в Урбана-Шампейн.