vmd не открывается с именем файла в аргументе командной строки в Mac OS X

Question

Я недавно перешел с Linux на Mac OS. Я установил VMD в этой новой машине. VMD просто загружается без какой-либо молекулы, когда я набираю следующее:

vmd protein.gro

Этот *.gro файл содержит молекулу белка. Я хочу открыть этот файл как в Linux:

*applicationname filename*

Но это не работает. Запуск молекулы через vmd просто не работает. Я пытался решить эту проблему в Google, но не смог найти правильный ответ. Есть ли кто-нибудь, кто имел такую ​​же проблему и смог ее решить?

Answer 1

Возможно, немного поздно, но в любом случае. Вам нужно только добавить строку в ваш файл bash_profile.

Файл bash_profile находится в:

/Users/user-name/.bash_profile

(не забудьте изменить имя пользователя на ваше реальное имя пользователя и запишите точку в начале имени файла)

внутри файла.bash_profile (или.profile) добавьте:

alias vmd='csh /Applications/VMD\ 1.9.3.app/Contents/MacOS/startup.command.csh'

(для другой версии VMD вам нужно изменить номер (1.9.3) на пути к вашей фактической версии VMD). Сохрани и закрой.

После этого просто отправьте ваш файл.bash_profile (или.profile) снова, чтобы изменения были включены в вашу оболочку, или просто откройте новое окно терминала.

Теперь вы можете ввести:

vmd my-gro-file.gro

так же, как в Linux.

Answer 2

Является ли vmd родным приложением для Mac? Если это так, вы должны быть в состоянии использовать open -a /path/to/vmd.app filename,

Answer 3

Я думаю, что это зависит от самого приложения, но, возможно, попробуйте это. Во-первых, найдите, где приложение установлено с помощью терминала, как это:

which vmd

и вы должны получить путь к нему. Затем используйте путь следующим образом:

open -a /path/to/vmd --args someMolecule.gro