Распределение радиальной плотности по траектории МД

Question

У меня есть траектория молекулярной динамики мицеллы в водном ящике. Для каждого кадра я хочу получить центр масс (СОМ) мицеллы и рассчитать плотность молекул воды от СОМ к сторонам водяного бокса. Кто-нибудь знает, каков наилучший способ сделать это? Мне было интересно, сталкивался ли кто-нибудь с такой проблемой раньше.

Спасибо Садег

Answer 1

Сначала - много полезных команд и как их использовать, написано здесь.

Вы должны выбрать свои липиды (полагаю, мицелла состоит из фосфолипидов), а не выбирать по типу - липиды:

set sel1 [atomselect top "lipids"]

или по переименованию:

set sel1 [atomselect top resname DPC]

И тогда:

center_of_mass $sel1

рассчитать плотность молекул воды от СОМ к сторонам водяного бокса

Я не знаю, о чем именно вы говорите - в мицелле есть молекулы воды? Или водяная камера - это молекулы воды на определенном расстоянии от мицеллы? Пожалуйста, дайте больше информации (лучше несколько фотографий системы с описаниями).