Как я могу объединить 2 файла траектории dcd?
Поэтому я нахожусь в ситуации, когда мои 2 цепочки (2 белка) из одной и той же симуляции находятся отдельно в 2 файлах DCD, каждый из которых имеет 2000 кадров. Я хотел объединить эти 2 файла DCD в один файл DCD (который будет иметь в общей сложности 2000 кадров), содержащий обе цепочки. Я знаю, что это может быть возможно в VMD. Кто-нибудь может мне помочь?
ПРИМЕЧАНИЕ: я не говорю о конкатенации файлов DCD (что делается с помощью catdcd)
0 ответов
Легкость, с которой вы можете это сделать, зависит от формата силового поля / топологии, которые вы использовали. Если вы использовали топологию Amber, то это намного сложнее, поскольку формат Amber очень чувствителен к соответствию 1-1 между атомами, указанными в топологии, и атомами в вашей структуре. Если вы использовали CHARMM, то вы можете сгенерировать psf-файл, содержащий все атомы обоих фреймов.
Что касается фактической суперпозиции / слияния структур, вам необходимо точно знать, как ориентировать две молекулы относительно друг друга, особенно если это для какого-либо численного анализа. Если это для отображения, то просто загрузите две цепи в VMD как отдельные атомы и покажите обе сразу.
Мне любопытно, почему у вас изначально написаны две траектории - есть ли у вас доступ к исходному выводу dcd от NAMD?