Каков типичный размер файлов последовательности при проведении парного выравнивания последовательности?

Question

Каков типичный размер файлов последовательности при проведении парного выравнивания последовательности? Можем ли мы выровнять весь геном организмов?

Answer 1

Существует два типа выравнивания парных последовательностей: локальное и глобальное.

Локальное попарное выравнивание пытается найти только части двух последовательностей, которые похожи. Не существует типичного размера последовательности, поскольку существует огромный разброс. Для людей это 10-15kb (10000-15000 базовых пар), в соответствии с этим: http://bionumbers.hms.harvard.edu/bionumber.aspx?&id=104316&ver=1.

В случае глобального выравнивания мы пытаемся выровнять все остатки двух последовательностей. Используя глобальные методы выравнивания, мы можем выровнять весь геном организмов, но это имеет некоторое применение только в случае близкородственных организмов, где геном не сильно расходится. Пример того, как это можно сделать, см. По следующему адресу: http://genomewiki.ucsc.edu/index.php/Whole_genome_alignment_howto

Кроме того, это описывает множественные выравнивания целого генома, которые могут быть более полезными: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3157923/