Как скомпилировать и работать samtools с cygwin

Question

Мне нужна помощь, чтобы решить эту проблему. Я получил ошибку, когда я скомпилировал Samtools под Cygwin (Windows 8 64 бит).

Я получил следующее сообщение:

ADMIN @ USER ~ / samtools-0.1.19

$ make    
make[1]: Entering directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/Cygwin/home/samtools-0.1.19'    
make[2]: Entering directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/Cygwin/home/samtools-0.1.19'    
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -DBGZF_CACHE -I. bgzf.c -o bgzf.o    
In file included from bgzf.c:32:0:    
bgzf.h:33:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory    
#include <zlib.h>        
^         
compilation terminated.    
Makefile:56: recipe for target 'bgzf.o' failed    
make[2]: *** [bgzf.o] Error 1
make[2]: Leaving directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/Cygwin/home/samtools-0.1.19'
Makefile:27: recipe for target 'lib-recur' failed
make[1]: *** [lib-recur] Error 1
make[1]: Leaving directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/Cygwin/home/samtools-0.1.19'
Makefile:27: recipe for target 'all-recur' failed
make: *** [all-recur] Error 1 

скажите пожалуйста что пошло не так и как мне нужно это исправить. Я попытался внести несколько изменений в Makefile, например, изменил -D_CURSES_LIB=1 на -D_CURSES_LIB=0, изменил "LIBCURSES= -lcurses # -lXCurses" на "LIBCURSES= # -lcurses # -lXCurse

сообщение об ошибке все еще продолжается, пожалуйста, помогите..

Answer 1

У меня была та же проблема, и я решил ее с помощью следующих шагов:

Запустите установщик Cygwin, на странице "Выбор пакета" найдите и установите gcc-g++, gdb, make, libncurses, zlib, zlib-devel.

Загрузите и распакуйте samtools.

присоединять -Dexpl=exp -Dlogl=log по умолчанию в Makefile DFLAGS линия, такая как:

DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -Dexpl=exp -Dlogl=log

Бежать make clean очистить предыдущие попытки сборки.

Тогда беги make,

Скопируйте samtools.exe и папку misc в системный путь. Или для samtools версии 1.0 или новее запустите make install,

Обратите внимание: samtools теперь в версии 1.1. Вы должны попробовать это в первую очередь.

Больше информации в моем блоге.