Описание тега samtools
Samtools is a suite of programs for interacting with high-throughput sequencing data.
Samtools - это набор программ биоинформатики для взаимодействия с данными высокопроизводительного секвенирования. Он состоит из трех отдельных репозиториев:
- Samtools Чтение / запись / редактирование / индексация / просмотр формата SAM/BAM/CRAM
- bcftools Чтение / запись файлов BCF2/VCF/gVCF и вызов / фильтрация / суммирование вариантов SNP и коротких последовательностей indel
- Библиотека HTSlib AC для чтения / записи высокопроизводительных данных секвенирования Samtools и BCFtools внутренне используют HTSlib, но эти исходные пакеты содержат собственные копии htslib, поэтому их можно создавать независимо.
Ссылки:
- домашняя страница: http://www.htslib.org/
- GitHub: https://github.com/samtools/
- SourceForge: https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/
- Формат SAM Sequence Alignment / Map - это общий формат для хранения больших выравниваний нуклеотидных последовательностей.