lobSTR, работающий с файлом BAM парного конца
Я использую программное обеспечение lobSTR для работы с файлом парного конца bam. Как показывает документ, я должен выполнить следующий код, прежде чем файл bam отсортирован по имени чтения.
lobSTR \
--index-префикс hg19_v3.0.2 / lobstr_v3.0.2_hg19_ref / lobSTR_ \
-f my_sample.bam --bampair \
--rg-sample my_sample.sorted.bam --rg-lib my_sample \
--out my_sample_output
скриншот приведенного выше кода
Мой вопрос в том, какой файл bam находится прямо в третьей и четвертой строке кода выше, в bam до или после сортировки?
Документ показывает, что перед сортировкой должен быть файл bam, но я думаю, что это должен быть отсортированный файл, а не необработанный файл bam в третьей строке.
Кроме того, я думаю, что четвертой строкой должен быть тег, а не отсортированный файл.
Любые другие идеи об этом, и кто-нибудь может решить мою путаницу. Спасибо!