Загрузка файлов PDB из BindingDB

Question

Я пытаюсь найти способ загрузки файлов белков PDB с использованием BindingDB. У меня есть файл с разными идентификаторами BindingDB, и я хочу загрузить файлы PDB для каждого лиганда, который связывается с белком для каждого идентификатора.

Я использовал скрипт для загрузки конкретных файлов PDB из RSCB: PDB. Теперь я должен сделать то же самое, но у меня есть идентификаторы BindingDB.

Предыдущий скрипт, который я использовал, выглядит так:

#! usr/bin/perl -w

open (NDX, 'file.txt');
@ndx_ar = <NDX>;
close NDX;

$ndx_sz = scalar @ndx_ar;

for ( $c = 0; $c < $ndx_sz; ++$c ) {

    chomp $ndx_ar[$c];

    if ( $ndx_ar[$c] =~ /pdb/ ) {
        $ndx_ar[$c] =~ s/.pdb//;
        `wget 'http://www.pdb.org/pdb/download/downloadFile.do?fileFormat=pdb&compression=NO&structureId=$ndx_ar[$c]' -O $ndx_ar[$c].pdb`;
    }
    else {
        `wget 'http://www.pdb.org/pdb/download/downloadFile.do?fileFormat=pdb&compression=NO&structureId=$ndx_ar[$c]' -O $ndx_ar[$c].pdb`;
    }
}

exit;

Answer 1

Я полагаю, вы хотите получить доступ к PDBBind база данных?

Страница приветствия говорит об этом

Доступность Основная информация о каждом комплексе в PDBbind полностью открыта для доступа (см. Страницу [ BROWSE ]). Пользователи должны зарегистрироваться в соответствии с лицензионным соглашением, чтобы использовать функции поиска, представленные на этом веб-сайте, или для массового скачивания содержимого PDBbind. Регистрация бесплатна для всех академических и промышленных пользователей. Перейдите на страницу [ РЕГИСТРАЦИЯ ] и следуйте инструкциям для завершения регистрации.

Я не биохимик, но подозреваю, что вам нужно будет зарегистрироваться, поскольку возможности просмотра минимальны. Я не могу помочь вам использовать средства поиска, так как я не понимаю, что вам нужно.