Ошибка загрузки pdb из банка протеиновых данных с использованием биопиона

Question

Некоторые pdbs не могут быть загружены из PDB с использованием биопиона, хотя они существуют в PDB. Это генерирует ошибку. Этот код используется для загрузки pdb (2j8e). Не удалось загрузить, однако он работает для других pdbs.

Python 2.7.4 (default, May 14 2013, 09:41:12)
[GCC 4.4.6 20120305 (Red Hat 4.4.6-4)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from Bio.PDB import PDBList
>>> pdbdownload = PDBList()
>>> pdbid = '2j8e'
>>> downloaded_path = pdbdownload.retrieve_pdb_file(pdbid)
Downloading PDB structure '2j8e'...

Traceback (most recent call last):
IOError: [Errno ftp error] [Errno ftp error] 550 Can't change directory to pdb2j8e.ent.gz: No such file or directory

Это ошибка Кто-нибудь сталкивался с этой проблемой?

Answer 1

Извините, но этот файл не существует! Смотрите сами:

ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/divided/pdb/j8/

В этом каталоге нет pdb2j8e.ent.gz. Если вы попытаетесь скачать 2j8f или любой другой идентификатор, вы получите его без проблем.

Этот файл устарел и может быть получен с ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/obsolete/pdb/j8/. С Biopython вы можете сделать:

downloaded_path = pdbdownload.retrieve_pdb_file(pdbid, obsolete=True)