Дает ли класс DSSP биопиона относительное значение доступности растворителя для аминокислот?
Я хотел бы иметь относительную доступность аминокислот в белке с помощью растворителя, в настоящее время используя модуль биопиона DSSP. Я не уверен, имеет ли выход rsa (относительная доступность растворителя) или его нужно рассчитать? Любая помощь будет оценена. Благодарю.
1 ответ
Краткий ответ: да, это так. Он выводит нормализацию по типу остатка. https://github.com/biopython/biopython/blob/master/Bio/PDB/DSSP.py строка 44
Нормализуется в соответствии с инструкциями Sander & Rost, (1994), Proteins, 20:216-226. Вопрос в том, достаточно ли этого для вас? Это не может быть. Остерегайтесь того, что код биопиона не допускает RSA > 1, что имеет смысл, но я бы выдал предупреждение, а не молча ограничивал число.
Есть и другие способы его нормализации.