Описание тега pbs
PBS означает портативную пакетную систему и описывает семейство программных продуктов для высокопроизводительных вычислений.
1
ответ
PBS: GNU параллельно: хосты различаются, работа с несколькими ЦП, работа с несколькими хостами
С PBSpro я могу запросить ресурсы для запуска моей работы. Моя работа в параллельном кластере сводится к запуску одного и того же файла несколько раз, каждый раз с другим идентификатором индекса / задания. Каждая задача порождает свои собственные по…
11 май '18 в 10:08
2
ответа
Сценарий PBS -o файл в нескольких местах
Иногда, когда я запускаю задания в кластере PBS, мне бы очень хотелось, чтобы журнал заданий (-o файл) находился в двух местах. Один в $PBS_O_WORKDIR для того, чтобы держать все вместе и один ${HOME}/jobOuts/ для greping/awking/ и т.д... Выполнение …
17 апр '13 в 05:08
1
ответ
Torque PBS передает переменные окружения, которые содержат кавычки
У меня есть скрипт на Python. Обычно я бы запустил это так: ./make_graph data_directory "wonderful graph title" Я должен запустить этот скрипт через планировщик. Я использую -v для передачи аргументов скрипта python через qsub. qsub make_graph.pbs -…
21 мар '15 в 06:05
1
ответ
Torque PBS против многопроцессорной обработки Python
У меня есть скрипт Python, который работает на сервере с 512 процессорами и 4 ТБ памяти. Скрипт использует модуль многопроцессорной обработки Python для параллельной обработки, разветвляя 30 параллельных дочерних процессов. Теперь мне нужно написать…
18 фев '15 в 16:40
0
ответов
Гибридное распараллеливание с OpenMP и MPI
Я пытаюсь настроить программу, которая работает на кластере из 20 узлов, каждый с 12 ядрами в каждом. Идея состоит в том, чтобы головной процесс распределял некоторые данные по каждому узлу, и чтобы каждый узел выполнял некоторые операции с данными,…
03 ноя '16 в 09:53
1
ответ
Список значений job_state для крутящего момента
Каковы возможные значения для job_state в Torque? Я заглянул в соответствующие справочные страницы, пока не нашел полный список.
27 окт '11 в 19:23
1
ответ
Редактирование файла симуляции, пока он находится в очереди
Скажем, я отправляю файл (file1.pbs) в PBS, и он ставится в очередь. В этом файле я ссылаюсь на второй файл, который будет запускать компьютер (file2.namd). Затем, пока file1.pbs ставится в очередь, я делаю важное изменение в file2.namd. После сохра…
13 июн '16 в 20:25
1
ответ
Как выполнить скрипт на каждом выделенном узле с помощью PBS
Я хочу выполнить скрипт на каждом узле, который выделен для моей работы. Итак, я сделал следующий тест. #PBS -N Test #PBS -l nodes=2:ppn=4 ulimit -Ss unlimited cd $PBS_O_WORKDIR cp $PBS_NODEFILE node NCORE=`cat node | wc -l` export P4_RSHCOMMAND=/op…
08 ноя '15 в 05:43
0
ответов
Сколько накладных расходов на планирование работы есть в PBS Pro?
Я использую PBS Pro для планирования 42 заданий, для выполнения каждого из которых требуется около 5 секунд. С одним ресурсом это должно занять 210 секунд, если у меня есть 15 доступных ресурсов, то это должно завершить выполнение за 14 секунд. Но о…
23 ноя '15 в 12:49
4
ответа
Тест MPI на кластере
Я изучаю OpenMPI на кластере. Вот мой первый пример. Я ожидаю, что выходные данные будут показывать ответ от разных узлов, но все они отвечают от одного узла node062. Мне просто интересно, почему и как я могу получить отчет от разных узлов, чтобы по…
31 янв '10 в 02:40
1
ответ
Как использовать команду qsub -v в крутящем моменте PBS?
Я хотел бы передать переменные в сценарий csh с помощью команды "qsub -v". Я понимаю, что мы можем перечислить пары параметров-значений, как показано ниже, qsub -v par1=value1 par2=value2 myScript.csh Кто-нибудь знает, могут ли значения этих парамет…
18 окт '12 в 21:40
2
ответа
Как мне найти текущий процесс, выполняющийся на определенном задании PBS?
Я пытаюсь написать скрипт для обеспечения диагностики процессов. Я отправил скрипт на сервер планирования заданий, используя qsub. Я легко могу найти узел, на который отправляется задание. Но я бы хотел узнать, какой процесс выполняется в данный мом…
22 дек '15 в 01:23
1
ответ
Создание общего пространства для PBS Pro
Как вы создаете общее пространство между узлами? У меня есть назначенный диск, который я хотел бы использовать, но поддерживаю возможность добавления дополнительных дисков позже
29 ноя '17 в 04:44
0
ответов
Как я могу передать вывод одного PBS в качестве переменной, чтобы установить параметр массива задания для другого сценария PBS
У меня есть один сценарий PBS (сценарий A), который определит количество образцов, которые мне нужно обработать - образцы должны пройти проверку качества. У меня есть другой сценарий PBS (сценарий B), который представляет собой сценарий массива зада…
07 июн '18 в 13:21
1
ответ
MPI на кластере PBS Hello World
Я использую mpiexec для запуска нескольких исполняемых файлов hello world. Каждый из них запускается, но число процессов всегда равно 1, где должно быть 4 процесса. Кто-то понимает почему? Также я не уверен, почему stty дает мне неверный аргумент. С…
10 окт '10 в 05:35
0
ответов
Проблема с загрузкой тензорного потока при работе в высокопроизводительной вычислительной системе
Я пытаюсь запустить скрипт Python в высокопроизводительной вычислительной системе моего университета, которая основана на Linux. Я запускал коды Python, используя сценарии pbs. Он работал правильно, пока я импортировал разные библиотеки, такие как "…
29 ноя '18 в 01:46
2
ответа
Отправка заданий с числовыми аргументами в QSUB с использованием Python
Я хочу запустить функцию Python, скажем, my_fun(x1,x2), на разных узлах кластера с SGE (QSUB). Я создал скрипт my_script.py который принимает числовые аргументы из командной строки, поэтому при локальном запуске я бы назвал его python my_script.py x…
03 июн '16 в 15:51
1
ответ
Torque/OpenMPI динамически распределяет узлы в зависимости от количества процессоров
Мне было интересно, достаточно ли крутит Torque, чтобы назначить правильное количество узлов в зависимости от того, сколько MPI-ядер вы запрашиваете. Для нашего кластера у нас есть разнородные узлы, и это может быть довольно расточительным, просто у…
04 мар '15 в 23:27
2
ответа
Как использовать команду qsub -v в крутящем моменте PBS со скриптом perl?
Я хотел бы передать переменные в сценарий Perl с помощью команды "qsub -v". Это скрипт Perl, который я бы запустил (это просто тест, но если он не работает, я не могу сделать что-нибудь более сложное) #!/usr/bin/perl use Getopt::Long; $result = GetO…
25 мар '13 в 17:09
1
ответ
pbs: входной файл не обновлен
Я использую систему очередей PBS и отправляю работу со следующим сценарием bash jobs #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -l walltime=1:30:00 ./aprogram $input используя qsub -v "input=myinputfile" script.job Это работает нормально, за исключением того факта,…
22 май '15 в 19:17