Тест MPI на кластере
Я изучаю OpenMPI на кластере. Вот мой первый пример. Я ожидаю, что выходные данные будут показывать ответ от разных узлов, но все они отвечают от одного узла node062. Мне просто интересно, почему и как я могу получить отчет от разных узлов, чтобы показать, что MPI фактически распределяет процессы по разным узлам? Спасибо и всего наилучшего!
ex1.c
/* test of MPI */
#include "mpi.h"
#include <stdio.h>
#include <string.h>
int main(int argc, char **argv)
{
char idstr[2232]; char buff[22128];
char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];
int numprocs; int myid; int i; int namelen;
MPI_Status stat;
MPI_Init(&argc,&argv);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&numprocs);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&myid);
MPI_Get_processor_name(processor_name, &namelen);
if(myid == 0)
{
printf("WE have %d processors\n", numprocs);
for(i=1;i<numprocs;i++)
{
sprintf(buff, "Hello %d", i);
MPI_Send(buff, 128, MPI_CHAR, i, 0, MPI_COMM_WORLD); }
for(i=1;i<numprocs;i++)
{
MPI_Recv(buff, 128, MPI_CHAR, i, 0, MPI_COMM_WORLD, &stat);
printf("%s\n", buff);
}
}
else
{
MPI_Recv(buff, 128, MPI_CHAR, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &stat);
sprintf(idstr, " Processor %d at node %s ", myid, processor_name);
strcat(buff, idstr);
strcat(buff, "reporting for duty\n");
MPI_Send(buff, 128, MPI_CHAR, 0, 0, MPI_COMM_WORLD);
}
MPI_Finalize();
}
ex1.pbs
#!/bin/sh
#
#This is an example script example.sh
#
#These commands set up the Grid Environment for your job:
#PBS -N ex1
#PBS -l nodes=10:ppn=1,walltime=1:10:00
#PBS -q dque
# export OMP_NUM_THREADS=4
mpirun -np 10 /home/tim/courses/MPI/examples/ex1
скомпилируйте и запустите:
[tim@user1 examples]$ mpicc ./ex1.c -o ex1
[tim@user1 examples]$ qsub ex1.pbs
35540.mgt
[tim@user1 examples]$ nano ex1.o35540
----------------------------------------
Begin PBS Prologue Sat Jan 30 21:28:03 EST 2010 1264904883
Job ID: 35540.mgt
Username: tim
Group: Brown
Nodes: node062 node063 node169 node170 node171 node172 node174 node175
node176 node177
End PBS Prologue Sat Jan 30 21:28:03 EST 2010 1264904883
----------------------------------------
WE have 10 processors
Hello 1 Processor 1 at node node062 reporting for duty
Hello 2 Processor 2 at node node062 reporting for duty
Hello 3 Processor 3 at node node062 reporting for duty
Hello 4 Processor 4 at node node062 reporting for duty
Hello 5 Processor 5 at node node062 reporting for duty
Hello 6 Processor 6 at node node062 reporting for duty
Hello 7 Processor 7 at node node062 reporting for duty
Hello 8 Processor 8 at node node062 reporting for duty
Hello 9 Processor 9 at node node062 reporting for duty
----------------------------------------
Begin PBS Epilogue Sat Jan 30 21:28:11 EST 2010 1264904891
Job ID: 35540.mgt
Username: tim
Group: Brown
Job Name: ex1
Session: 15533
Limits: neednodes=10:ppn=1,nodes=10:ppn=1,walltime=01:10:00
Resources: cput=00:00:00,mem=420kb,vmem=8216kb,walltime=00:00:03
Queue: dque
Account:
Nodes: node062 node063 node169 node170 node171 node172 node174 node175 node176
node177
Killing leftovers...
End PBS Epilogue Sat Jan 30 21:28:11 EST 2010 1264904891
----------------------------------------
ОБНОВИТЬ:
Я хотел бы запустить несколько фоновых заданий в одном скрипте PBS, чтобы задания могли выполняться одновременно. например, в приведенном выше примере я добавил еще один вызов для запуска ex1 и изменил оба запуска на фоновый в ex1.pbs
#!/bin/sh
#
#This is an example script example.sh
#
#These commands set up the Grid Environment for your job:
#PBS -N ex1
#PBS -l nodes=10:ppn=1,walltime=1:10:00
#PBS -q dque
echo "The first job starts!"
mpirun -np 5 --machinefile /home/tim/courses/MPI/examples/machinefile /home/tim/courses/MPI/examples/ex1 &
echo "The first job ends!"
echo "The second job starts!"
mpirun -np 5 --machinefile /home/tim/courses/MPI/examples/machinefile /home/tim/courses/MPI/examples/ex1 &
echo "The second job ends!"
(1) Результат будет хорошим после qsub этого скрипта с предыдущим скомпилированным исполняемым файлом ex1.
The first job starts!
The first job ends!
The second job starts!
The second job ends!
WE have 5 processors
WE have 5 processors
Hello 1 Processor 1 at node node063 reporting for duty
Hello 2 Processor 2 at node node169 reporting for duty
Hello 3 Processor 3 at node node170 reporting for duty
Hello 1 Processor 1 at node node063 reporting for duty
Hello 4 Processor 4 at node node171 reporting for duty
Hello 2 Processor 2 at node node169 reporting for duty
Hello 3 Processor 3 at node node170 reporting for duty
Hello 4 Processor 4 at node node171 reporting for duty
(2) Тем не менее, я думаю, что время выполнения ex1 слишком короткое, и, вероятно, у двух фоновых заданий не слишком много перекрывающегося времени выполнения, что не относится к случаю, когда я применяю один и тот же способ к своему реальному проекту. Поэтому я добавил sleep(30) в ex1.c, чтобы продлить время выполнения ex1, так что два задания, выполняющие ex1 в фоновом режиме, будут выполняться одновременно почти все время.
/* test of MPI */
#include "mpi.h"
#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <unistd.h>
int main(int argc, char **argv)
{
char idstr[2232]; char buff[22128];
char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];
int numprocs; int myid; int i; int namelen;
MPI_Status stat;
MPI_Init(&argc,&argv);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&numprocs);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&myid);
MPI_Get_processor_name(processor_name, &namelen);
if(myid == 0)
{
printf("WE have %d processors\n", numprocs);
for(i=1;i<numprocs;i++)
{
sprintf(buff, "Hello %d", i);
MPI_Send(buff, 128, MPI_CHAR, i, 0, MPI_COMM_WORLD); }
for(i=1;i<numprocs;i++)
{
MPI_Recv(buff, 128, MPI_CHAR, i, 0, MPI_COMM_WORLD, &stat);
printf("%s\n", buff);
}
}
else
{
MPI_Recv(buff, 128, MPI_CHAR, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &stat);
sprintf(idstr, " Processor %d at node %s ", myid, processor_name);
strcat(buff, idstr);
strcat(buff, "reporting for duty\n");
MPI_Send(buff, 128, MPI_CHAR, 0, 0, MPI_COMM_WORLD);
}
sleep(30); // new added to extend the running time
MPI_Finalize();
}
Но после перекомпиляции и снова qsub результаты, похоже, не все в порядке. Есть процессы прерваны. в ex1.o35571:
The first job starts!
The first job ends!
The second job starts!
The second job ends!
WE have 5 processors
WE have 5 processors
Hello 1 Processor 1 at node node063 reporting for duty
Hello 2 Processor 2 at node node169 reporting for duty
Hello 3 Processor 3 at node node170 reporting for duty
Hello 4 Processor 4 at node node171 reporting for duty
Hello 1 Processor 1 at node node063 reporting for duty
Hello 2 Processor 2 at node node169 reporting for duty
Hello 3 Processor 3 at node node170 reporting for duty
Hello 4 Processor 4 at node node171 reporting for duty
4 additional processes aborted (not shown)
4 additional processes aborted (not shown)
в ex1.e35571:
mpirun: killing job...
mpirun noticed that job rank 0 with PID 25376 on node node062 exited on signal 15 (Terminated).
mpirun: killing job...
mpirun noticed that job rank 0 with PID 25377 on node node062 exited on signal 15 (Terminated).
Интересно, почему происходят процессы, прерванные? Как правильно выполнить qsub фоновые задания в сценарии PBS?
4 ответа
Пара вещей: вам нужно указать mpi, где запускать процессы, если вы используете mpich, посмотрите раздел справки mpiexec и найдите машинный файл или эквивалентное описание. Если машинный файл не предоставлен, он будет работать на одном хосте
PBS автоматически создает файл узлов. Его имя хранится в переменной среды PBS_NODEFILE, доступной в командном файле PBS. Попробуйте следующее:
mpiexec -machinefile $PBS_NODEFILE ...
если вы используете mpich2, у вас есть два загрузчика MPI, используя mpdboot. Я не помню детали команды, вам придется прочитать справочную страницу. Не забудьте создать секретный файл, иначе mpdboot потерпит неудачу.
Я прочитал ваш пост еще раз, вы будете использовать открытый mpi, вам все еще нужно предоставить файл machines для команды mpiexec, но вам не нужно связываться с mpdboot
По умолчанию PBS (я предполагаю крутящий момент) распределяет узлы в монопольном режиме, так что только одно задание на узел. Это немного отличается, если у вас есть несколько процессоров, скорее всего, один процесс на процессор. PBS может быть изменен для распределения узлов в режиме с разделением времени. Посмотрите на справочную страницу краткого рассказа qmgr.long. Скорее всего, у вас не будет перекрывающихся узлов в файле узлов, поскольку файл узлов создается, когда ресурсы доступны, а не во время представление.
Целью PBS является контроль ресурсов, чаще всего времени, распределение узлов (автоматическое).
Команды в файле PBS выполняются последовательно. Вы можете поместить процессы в фоновый режим, но это может нанести ущерб цели распределения ресурсов, но я не знаю, какой именно рабочий процесс у вас есть. Я использовал фоновые процессы в сценариях PBS для копирования данных до параллельного запуска основной программы, используя &. Сценарий PBS на самом деле просто сценарий оболочки.
Вы можете предположить, что PBS ничего не знает о внутренней работе вашего скрипта. Разумеется, вы можете запускать несколько процессов / потоков в скрипте via. Если вы это сделаете, то вы и ваша операционная система должны распределять ядро / процессоры сбалансированным образом. Если вы работаете в многопоточной программе, наиболее вероятный подход - запустить один процесс mpi для узла, а затем запустить потоки OpenMP.
Дайте мне знать, если вам нужны разъяснения
В качестве диагностики попробуйте вставить эти операторы сразу после вашего вызова MPI_GET_PROCESSOR_NAME.
printf("Hello, world. I am %d of %d on %s\n", myid, numprocs, name);
fflush(stdout);
Если все процессы возвращают к нему один и тот же идентификатор узла, это может указывать на то, что вы не совсем понимаете, что происходит в системе управления заданиями и кластере - возможно, PBS (несмотря на то, что вы явно говорите об этом) помещает все 10 процессы на одном узле (у вас есть 10 ядер в узле?).
Если это приводит к другим результатам, это наводит меня на мысль, что с вашим кодом что-то не так, хотя для меня это выглядит нормально.
В вашем коде есть ошибка, не связанная с mpich, вы повторно использовали i в своих двух циклах.
for(i=1;i<numprocs;i++)
{
sprintf(buff, "Hello %d", i);
MPI_Send(buff, 128, MPI_CHAR, i, 0, MPI_COMM_WORLD); }
for(i=1;i<numprocs;i++)
Второй цикл for испортит все.