Описание тега ggtree
По вопросам о ggtree, пакете R для визуализации и аннотации филогенетических деревьев.
1
ответ
Передача аргументов в geom_point2 с помощью mapply
Моя цель - передать списки в качестве аргументов функции geom_point2, используя lapply или аналогично mapply. В подобных ситуациях я успешно передавал список (или списки) в geom_cladelabel как в: mapply(function (x,y,z,w,v,u,t,s) geom_cladelabel(nod…
03 авг '17 в 19:19
0
ответов
ggtree добавить информацию о крае phylotree
Извините, но я захожу в тупик здесь. Я рисую дерево, и у меня есть фрейм данных с "положением" мутаций, то есть ветвями, где они должны быть. Я хотел бы добавить точки к моему дереву в соответствии с этими мутациями. У меня разные проблемы, но они р…
07 мар '18 в 12:37
1
ответ
Функция getSubtree в ggtree, такой функции нет
Я установил пакет ggtree v1.8.2 и хотел использовать функцию getSubtree. Однако я получаю удивительную ошибку:): Ошибка в getSubtree(): не удалось найти функцию "getSubtree" Несмотря на то, что я вижу функцию Справки Rstudio как участника пакета ggt…
28 сен '17 в 11:09
0
ответов
Как нанести отдельные символы на филогенетическое древо, используя фитоинструменты?
Я планирую нанести тип системы спаривания (моногамный, полигинный и беспорядочный) на филогенетическое дерево, построенное с использованием caper пакет, ggtree() и супер дерево в формате файла Nexus. Я пытался следовать этому руководству на веб-сайт…
09 авг '18 в 00:11
1
ответ
Шрифты и размер дерева, отображаемого ggtree
Я пытаюсь использовать пакет R ggtree для визуализации моего полигенного дерева. Я использую следующие коды: library(ggtree) library(treeio) tree_text<-read.table("tree.nwk") tree <-read.tree(text=as.character(tree_text$V1)) ggtree(tree, layou…
01 май '18 в 09:03
0
ответов
Ошибка в gheatmap (пакет ggtree): "Ошибка: необходимо запросить хотя бы один цвет из палитры оттенков".
Последняя строка выдает ошибку: library(ggtree) nwk <- read.tree("nwk_file") metadata <- read.table("metadata_file", sep="\t", stringsAsFactor=FALSE) g <- ggtree(nwk) gheatmap(g, metadata, offset=5, width=0.5, font.size=3, colnames_angle=-4…
21 ноя '18 в 19:04
1
ответ
Можно ли кодировать geom_text в gg_tree, чтобы не нарушать расстояние от узлов?
Я выровнял некоторые аминокислотные последовательности в R и импортировал матрицу расстояний (dist_mat) для использования в ggtree, используя tree <- ape::nj(dist_mat), Это выглядит примерно так: node parent branch.length x y label isTip branch a…
10 янв '18 в 20:21
0
ответов
Раскрасить филогенетическое дерево по семейству с помощью rotl и ggtree
Я использую пакет rotl для исправления списка названий видов и использую результаты для построения филогенетического дерева. Тем не менее, я не могу найти, где Rotl хранит данные о семье? Я думал, что это будет в node.label, но это выглядит неправил…
27 мар '18 в 06:12
1
ответ
Хранение информации об узлах после сбрасывания подсказок
Когда у меня есть дерево и некоторая информация об узлах, хранящаяся в таблице, я хотел бы отказаться от подсказок и соответствующим образом изменить таблицу. Поэтому необходима новая таблица с правильным новым номером в узле столбца. library(ape) l…
02 авг '17 в 22:03
1
ответ
Аспект ggjoy с ggtree
Можно ли добавить джойплот в качестве панели к графику, который включает ggtree, как показано в этих примерах? Примеры джойплотов здесь. Я понимаю, что мог бы вручную разместить метки видов для джойплота в том же порядке, что и метки на кончиках дер…
29 июл '17 в 01:05
1
ответ
Окраска меток на основе внешнего набора данных в ggtree
У меня есть филогенетическое дерево в .tre формат и сопутствующий набор данных. Точная форма дерева не имеет значения, это просто случайное филогенетическое дерево. Набор данных имеет два столбца: имена и цвета. При построении такого дерева я бы, ск…
02 ноя '18 в 10:03
0
ответов
Расщепление легенды в ggtree/ggplot2
Я использую часть программного обеспечения под названием ggtree, который основан на ggplot2 и позволяет визуализировать филогенетическое дерево и добавлять к нему метаданные. Функция для добавления метаданных в виде цветной тепловой карты называется…
19 июл '17 в 08:07
0
ответов
ggtree facet_plot данных max, min и количества наблюдений
library(ggtree) library(ggstance) # generate tree tr <- rtree(30) # create simple ggtree object with tip labels p <- ggtree(tr) + geom_tiplab(offset = 0.02) # Generate distribution of points for each species d4 <- data.frame(id=rep(tr$tip.l…
27 сен '18 в 19:33
1
ответ
Как сократить / укоротить ветку в ggtree
С филологическим деревом, сгенерированным с помощью AP-пакетов R и построением графиков с помощью ggtree - кто-нибудь знает способ сократить ветки? Моя точка зрения заключается в том, что я сравниваю в основном внутривидовые виды, но добавил два наи…
03 апр '18 в 14:44
0
ответов
Проблема построения ассоциированного генотипа с использованием gheatmap
Я использую учебник gheatmap для построения филогенетического дерева с соответствующей информацией о генотипе. Я создал код ниже, чтобы выполнить эту задачу, однако я не понимаю, почему код генерирует только филогенетическое дерево без тепловой карт…
18 сен '18 в 08:00
1
ответ
Как аннотировать объект ggtree значениями начальной загрузки?
У меня есть филогенетическое древо класса phylo с 24 наконечниками и 23 внутренними узлами. Я запустил начальный анализ этого дерева и данных, используя boot.phylo, который вернул вектор из 23 значений начальной загрузки. Я создал объект ggtree из м…
23 окт '18 в 19:02
4
ответа
Недостаточно большая площадь графика
Я пытаюсь построить круговое филогенетическое дерево с узлами, помеченными начальной загрузкой, и определенными пользователем / цветными метками кончиков. Я заставил результаты начальной загрузки и метки работать должным образом, но почему-то я прос…
27 июн '17 в 15:09
2
ответа
ggtree::facet_plot - вторая панель использует параметр xlim из первой
Я провел статистические тесты на множестве родов, которые иерархически структурированы с помощью дерева, поэтому у меня есть p-значение для каждого рода в дереве. Я хочу визуализировать как дерево, так и значение p на графике панели, как это можно с…
22 фев '18 в 13:08
0
ответов
Есть ли способ настроить масштаб длины ветви при построении дерева?
Мне было интересно, есть ли способ построить дерево с заданной пользователем длиной ветви, а не с масштабом, который любая программа визуализации дерева обычно вычисляет по умолчанию. Например, на рисунке ниже, созданном с использованием ggtree для …
06 дек '18 в 15:39
1
ответ
Добавление объекта ggtree к уже существующему ggplot с общей осью y
У меня есть следующие данные и сюжет: Данные: structure(list(type = c("mut", "mut", "mut", "mut", "mut", "mut", "mut", "mut", "gene", "gene", "gene", "gene"), gene = c("gyrA", "gyrA", "gyrB", "gyrB", "parC", "parC", "parE", "parE", "qnrA1", "qnrA1",…
11 сен '18 в 17:26