Добавление объекта ggtree к уже существующему ggplot с общей осью y
У меня есть следующие данные и сюжет:
Данные:
structure(list(type = c("mut", "mut", "mut", "mut", "mut", "mut",
"mut", "mut", "gene", "gene", "gene", "gene"), gene = c("gyrA",
"gyrA", "gyrB", "gyrB", "parC", "parC", "parE", "parE", "qnrA1",
"qnrA1", "sul3", "sul3"), type2 = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 2,
2, 2, 2), id = c("2014-01-7234-1-S", "2015-01-3004-1-S", "2014-01-2992-1-S",
"2016-17-299-1-S", "2015-01-2166-1-S", "2014-01-4651-1-S", "2016-02-514-2-S",
"2016-02-402-2-S", "2016-02-425-2-S", "2015-01-5140-1-S", "2016-02-522-2-S",
"2016-02-739-2-S"), result = c("1", "0", "0", "0", "0", "0",
"1", "1", "0", "0", "0", "1"), species = c("Broiler", "Pig",
"Broiler", "Red fox", "Pig", "Broiler", "Wild bird", "Wild bird",
"Wild bird", "Pig", "Wild bird", "Wild bird"), fillcol = c("Broiler_1",
"Pig_0", "Broiler_0", "Red fox_0", "Pig_0", "Broiler_0", "Wild bird_1",
"Wild bird_1", "Wild bird_0", "Pig_0", "Wild bird_0", "Wild bird_1"
)), row.names = c(NA, -12L), class = c("grouped_df", "tbl_df",
"tbl", "data.frame"), vars = "gene", drop = TRUE, indices = list(
0:1, 2:3, 4:5, 6:7, 8:9, 10:11), group_sizes = c(2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L), biggest_group_size = 2L, labels = structure(list(
gene = c("gyrA", "gyrB", "parC", "parE", "qnrA1", "sul3")), row.names = c(NA,
-6L), class = "data.frame", vars = "gene", drop = TRUE, indices = list(
0:1, 2:3, 4:5, 6:7, 8:9, 10:11), group_sizes = c(2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L), biggest_group_size = 2L, labels = structure(list(
gene = c("gyrA", "gyrB", "parC", "parE", "qnrA1", "sul3")), row.names = c(NA,
-6L), class = "data.frame", vars = "gene", drop = TRUE)))
Участок:
library(ggplot2)
p1 <- ggplot(test_df, aes(fct_reorder(gene, type2),
factor(id),
fill = fillcol,
alpha = result)) +
geom_tile(color = "white")+
theme_minimal()+
labs(fill = NULL)+
theme(axis.text.x = element_text(angle = 90,
hjust = 1,
vjust = 0.3,
size = 7),
axis.title = element_blank(),
panel.grid = element_blank(),
legend.position = "right")+
guides(alpha = FALSE)+
coord_fixed()
Кроме того, у меня есть следующий объект дерева:
structure(list(edge = structure(c(23L, 23L, 22L, 22L, 21L, 21L,
20L, 20L, 19L, 19L, 18L, 18L, 17L, 17L, 16L, 16L, 15L, 15L, 14L,
14L, 13L, 13L, 1L, 3L, 2L, 9L, 22L, 23L, 4L, 5L, 20L, 21L, 11L,
12L, 18L, 19L, 10L, 17L, 8L, 16L, 6L, 7L, 14L, 15L), .Dim = c(22L,
2L)), edge.length = c(2, 2, 0, 0, 2.5, 0.5, 2, 2, 0.75, 0.25,
0.5, 0.5, 2.41666666666667, 0.166666666666667, 3.0625, 0.145833333333333,
3.38888888888889, 0.326388888888889, 3, 3, 0.5, 0.111111111111111
), tip.label = c("2016-02-425-2-S", "2016-02-522-2-S", "2015-01-2166-1-S",
"2016-02-402-2-S", "2016-02-514-2-S", "2016-17-299-1-S", "2016-02-739-2-S",
"2015-01-5140-1-S", "2014-01-2992-1-S", "2014-01-7234-1-S", "2014-01-4651-1-S",
"2015-01-3004-1-S"), Nnode = 11L), class = "phylo", order = "postorder")
Который построен так:
library(ggtree)
p2 <- ggtree(tree)+
geom_treescale()+
geom_tiplab(align = TRUE, linesize = 0, size = 1)+
xlim(0, 4.2)
То, что я хочу сделать, - это объединить дерево и первый график и расположить первый график по оси Y после порядка в дереве, чтобы они совпали. Я попытался использовать некоторые решения здесь, но я не могу создать тот же график с помощью функции facet_plot. Есть ли способ определить значения обработки по оси Y на обоих графиках, а затем объединить их?
Вот как я хочу, чтобы это выглядело (приблизительно):
1 ответ
Нам нужно расположить мозаичный график в том же порядке, что и древовидный график, а затем нам нужно выложить эти два графика так, чтобы они соответствовали. Первое задание относительно простое, но я не уверен, как выполнить второе без ручной настройки макета.
library(tidyverse)
library(ggtree)
library(grid)
library(gridExtra)
p2 <- ggtree(tree)+
geom_treescale()+
geom_tiplab(align = TRUE, linesize = 0, size = 3)+
xlim(0, 4.2)
Теперь, когда мы создали древовидный график, давайте программно получим упорядочение оси y. Мы можем сделать это, используя ggplot_build чтобы получить структуру сюжета.
p2b = ggplot_build(p2)
Мы можем посмотреть на данные для макета графика, запустив p2b$data в консоли. Это выводит список с различными фреймами данных, которые представляют структуру графика. Рассматривая их, мы видим, что пятый и шесть фреймов данных имеют метки узлов. Мы будем использовать пятый (p2b$data[[5]] и заказать их на основе y столбец, чтобы получить вектор меток узла (p2b$data[[5]] %>% arrange(y) %>% pull(label))). Тогда мы будем конвертировать test_df$id к факторной переменной с этим порядком узлов.
test_df = test_df %>%
mutate(id = factor(id, levels=p2b$data[[5]] %>% arrange(y) %>% pull(label)))
(В качестве другого варианта вы можете получить порядок узлов непосредственно из p2 с p2$data %>% filter(isTip) %>% arrange(parent) %>% pull(label))
Теперь мы можем создать плитку p1 с порядком узлов, который соответствует порядку дерева.
p1 <- ggplot(test_df, aes(fct_reorder(gene, type2),
factor(id),
fill = fillcol,
alpha = result)) +
geom_tile(color = "white")+
theme_minimal()+
labs(fill = NULL)+
theme(axis.text.x = element_text(angle = 90,
hjust = 1,
vjust = 0.3,
size = 7),
axis.title = element_blank(),
panel.grid = element_blank(),
legend.position = "right")+
guides(alpha = FALSE)+
coord_fixed()
На графике ниже мы видим, что метки соответствуют.
grid.arrange(p2, p1, ncol=2)
Теперь нам нужно расположить два графика только с одним набором меток и с линиями узлов, совпадающими по вертикали с плитками. Я сделал это с помощью ручной настройки ниже, создав nullGrob() (в основном пустое пространство ниже p1) и корректировка heights аргумент, чтобы получить выравнивание. Макет, вероятно, может быть выполнен программно, но это потребует дополнительных манипуляций с графическим объектом.
grid.arrange(p2 + theme(plot.margin=margin(0,-20,0,0)),
arrangeGrob(p1 + theme(axis.text.y=element_blank()),
nullGrob(),
heights=c(0.98,0.02)),
ncol=2)
