ggtree добавить информацию о крае phylotree
Извините, но я захожу в тупик здесь. Я рисую дерево, и у меня есть фрейм данных с "положением" мутаций, то есть ветвями, где они должны быть. Я хотел бы добавить точки к моему дереву в соответствии с этими мутациями. У меня разные проблемы, но они работают приблизительно. Моя настоящая проблема заключается в том, что точки, имеющие одинаковую информацию о родителе и узле (то есть точки, которые должны находиться в одной и той же ветви), представлены не все, а только одна, но не остальные. Я попытался установить прозрачность в соответствии с предложением с помощью функции geom_point, чтобы проверить, накладываются ли точки, но нет, в действительности есть только одна точка. Я присоединяюсь к примеру моих данных и графику для большей ясности с моим кодом (см. PJ).
Как вы можете видеть в строках 1 и 4 моего фрейма данных, у меня одна и та же информация, я надеюсь построить две точки на краю, но у меня есть только одна точка, соответствующая первой линии. У кого-нибудь есть идеи или предложения, чтобы помочь мне?
Я попытался сделать цикл, я проверяю geom_subview, но мне не нужна круговая диаграмма, я действительно ищу решения, прежде чем просить вашей помощи.
Большое спасибо Мари
p <- ggtree(pp, mrsd = "0000-1-1" , alpha = 0.1, ladderize = FALSE) # mrsd
permet de mettre le temps 0 comme temps recent
p <- p + geom_tiplab() # ajoute les labels des feuilles
p <- p + geom_text2(aes(subset=!isTip, label = node), hjust = 1.3, vjust
=-0.8,size = 2) # ajoute le numero du noeud
p <- p + theme_tree2()
p <- p + scale_x_continuous(minor_breaks = waiver(), limits = c(NA, 150),
xlab("K Years"))
plot(p)
p<- p %<+% subset(LeDataFrame, real_pos == 1) + geom_point(aes(x=branch,
shape = edge_label, colour =factor(iteration), size = 1.5) , alpha = 0.4,
na.rm = TRUE, position = position_jitter(width =0.1, height = 0.1))
plot(p)