Раскрасить филогенетическое дерево по семейству с помощью rotl и ggtree
Я использую пакет rotl для исправления списка названий видов и использую результаты для построения филогенетического дерева. Тем не менее, я не могу найти, где Rotl хранит данные о семье? Я думал, что это будет в node.label, но это выглядит неправильно. Есть идеи, как раскрасить по семейной группе? Спасибо
library(rotl)
taxa<-c("Malus pumila", "Prunus sativa","Persea americana","Malpighia glabra")
resolved_names <- tnrs_match_names(taxa)
resolved_names_naomit<-na.omit(resolved_names)
in_tree <- is_in_tree(ott_id(resolved_names_naomit))
tree <- tol_induced_subtree(ott_id(resolved_names_naomit)[in_tree])
library("ggtree")
groupInfo <- split(tree$tip.label, gsub("_\\w+", "", tree$tip.label))
tree <- groupOTU(tree, groupInfo)
ggtree(tree, aes(color=group), layout='circular') + geom_tiplab(size=1, aes(angle=angle))