R: График подмножества основных компонентных переменных, когда у вас слишком много переменных
Я новичок в использовании Vegan для анализа на уровне экосистем.
У меня есть набор данных с более чем 4000 таксонов на десяти участках, и еще один с 37 наблюдениями на основе химии со всех десяти участков.
Я проанализировал оба набора данных, используя prcomp из пакета Vegan, и нанес на график результаты, используя биплот (df), и, как и ожидалось, он выглядит потрясающе для данных химии, но создает (как и ожидалось) нелепый нечитаемый график для данных таксонов.
Я читал на одном веб-сайте, что вы можете построить биплот на основе значений загрузки тех переменных, которые управляют графиком - в их примере для наглядности они построили только 10 лучших переменных загрузки из своих результатов prcomp, но не указали, как они сделали это. (См. http://www.pmc.ucsc.edu/~mclapham/Rtips/ordination.htm).
После нескольких часов чтения и поиска, как построить график на основе значений загрузки (вращения), я не могу найти ответ. Может кто-нибудь помочь мне понять, как сузить мои переменные до тех, которые являются наиболее важными, вместо того, чтобы смотреть на все 4000?
Заранее спасибо. В