Описание тега princomp

Вопросы с тегом
3 ответа

Пропустить NA и вменение данных перед выполнением анализа PCA с использованием R

Я пытаюсь сделать анализ PCA, используя princomp функция в R. Ниже приведен пример кода: mydf <- data.frame ( A = c("NA", rnorm(10, 4, 5)), B = c("NA", rnorm(9, 4, 5), "NA"), C = c("NA", "NA", rnorm(8, 4, 5), "NA") ) out <- princomp(mydf, cor …
30 апр '12 в 15:41
0 ответов

Регрессия главных компонентов Matlab

Я пытаюсь выяснить, как регрессия с использованием pca работает в Matlab... Я стандартизировал свои переменные, выполнил pca для них, а затем сделал регрессию для основных компонентов, но что мне не ясно, так это как я конвертирую коэффициенты регре…
12 окт '15 в 22:10
1 ответ

Распечатка загрузок princomp с помощью ggplot

Я пытаюсь выполнить анализ PCA для моего набора данных, и я могу вычленить нагрузки для основной функции графика. Но я хочу сделать это на ggplot, но я продолжаю получать эту ошибку: "ggplot2 не знает, как обращаться с данными загрузок классов". Я и…
19 авг '17 в 17:10
1 ответ

ggbiplot - изменить цвет меток

По умолчанию функция ggbiplot выдает график с нагрузками в виде красных стрелок и меток блоков в черном цвете: library(ggbiplot) data("USArrests") us <- princomp(USArrests) ggbiplot(us, labels = rownames(us$scores)) является результатом этого код…
22 авг '17 в 13:15
1 ответ

Ошибка Princomp в R: ковариационная матрица не является неотрицательно определенной

У меня есть этот скрипт, который выполняет простой анализ PCA по числу переменных и в конце присоединяет две координаты и два других столбца (присутствие, NZ_Field) к выходному файлу. Я делал это много раз, но теперь это дает мне эту ошибку: Я поним…
16 окт '14 в 04:43
0 ответов

Анализ основных компонентов (princomp, main и т. Д.) На трехмерном массиве

Ранее я использовал PCA для двумерных массивов и использую первый вектор оценок ПК, который лучше всего описывает дисперсию всех других столбцов в анализах. Ниже приведен пример R, который показывает вектор Comp.1, который наилучшим образом описывае…
22 окт '14 в 13:35
1 ответ

Построение партитур из загрузок princomp в R

Я хотел бы иметь возможность построить оценки анализа главных компонентов с использованием его загрузок, но я не могу понять, что на самом деле делает функция princomp, когда вычисляет оценки набора данных. Игрушечный пример: cc <- matrix(1:24,nc…
01 июн '13 в 06:27
1 ответ

Удалить верхнюю и правую оси на графике princomp

У меня есть небольшая проблема, я хочу удалить верхнюю и правую оси (я не знаю, как называется эта ось, извините) моего биплота PCA, но я не могу понять, как это сделать. Есть ли способ удалить это? Я прочитал это bty=1 работает, чтобы иметь только …
30 мар '14 в 16:12
0 ответов

Значение оценки в функции Rstudio Princomp?

Я не понимаю значение "оценки" в функции "princomp": например, в следующей функции: acp <- princomp ( data , cor =T , scores = T ) Допустим, столбцы данных: Когда я набираю "acp$score" в Rstudio, я получаю матрицу с четырьмя столбцами (такое же к…
01 окт '17 в 00:55
3 ответа

R - Ограничить вывод файла summary.princomp

Я выполняю анализ основных компонентов в наборе данных с более чем 1000 переменных. Я использую R Studio, и когда я запускаю сводку, чтобы увидеть совокупную дисперсию компонентов, я вижу только последние несколько сотен компонентов. Как ограничить …
07 апр '12 в 15:13
1 ответ

Анализ основных компонентов - как получить вклад (%) каждого параметра в Prin.Comp.?

Я хочу знать, в какой степени измерение / параметр влияет на один из рассчитанных основных компонентов. Реальное описание: у меня есть пять климатических параметров для географического распределения вида я выполнил PCA с этими пятью параметрами граф…
06 окт '12 в 13:14
1 ответ

Вычисление новых переменных из главных компонентов - PCA в R

Для изучения PCA на R я запустил функцию princomp() (из пакета MASS) для набора данных iris. Я следовал следующие шаги: library(MASS) irispca<-princomp(iris[-5]) summary(irispca) irispca$loadings Чтобы вычислить основные компоненты, я использовал…
27 мар '16 в 09:42
1 ответ

Как использовать функцию princomp () в R, когда ковариационная матрица имеет нули?

При использовании princomp() функция в R, следующая ошибка встречается: "covariance matrix is not non-negative definite", Я думаю, это связано с тем, что некоторые значения равны нулю (фактически близки к нулю, но становятся равными нулю при округле…
19 дек '11 в 13:50
1 ответ

Анализ основных компонентов (пример исходного кода по математике)

Мой вопрос довольно элементарный, но мне нужна помощь в понимании основных понятий. В следующем примере со страницы документации Mathworks princomp функция load hald; [pc,score,latent,tsquare] = princomp(ingredients); pc,latent мы получаем следующие…
10 май '14 в 20:48
1 ответ

Вопрос о языке PCA R

Я новичок в R. Я хочу показать связь между матрицей ковариации Σ и собственными векторами и собственными значениями. Я знаю, что Σ можно разложить так, что: ∃P, ∃D: Σ = PD P'с P матрицей собственных векторов и D диагональной матрицей, диагональными …
24 май '15 в 13:17
2 ответа

Как вы используете корреляционную матрицу в качестве входных данных для princomp() в R

У меня есть фрейм данных, который представляет корреляционную матрицу большого набора данных: > data V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 1 1.000 0.846 0.805 0.859 0.473 0.398 0.301 0.382 2 0.846 1.000 0.881 0.826 0.376 0.326 0.277 0.415 3 0.805 0.881 1.000 0…
29 мар '14 в 02:07
1 ответ

Разница между proc princomp в SAS и командой princomp в R?

В настоящее время я пытаюсь получить эквивалентные результаты с помощью команды proc princomp в SAS и команды princomp() в R (в пакете stats). Результаты, которые я получаю, очень похожи, что наводит меня на мысль, что это не проблема с различными н…
31 окт '13 в 17:00
1 ответ

Использование princomp() в Matlab?

Я делаю следующее в MATLAB: >> X = [ 123 982 123 ; 434 233 842; 143 239 583; 733 292 503] X = 123 982 123 434 233 842 143 239 583 733 292 503 [coeff,score] = princomp(X) coeff = -0.3714 0.9202 0.1241 0.7330 0.2085 0.6475 -0.5700 -0.3314 0.7519…
11 июн '15 в 03:57
1 ответ

Как использовать функции princomp() или prcomp() в R с большими наборами данных, не размещая данные?

Я только начал знать PCA, и я хочу использовать его для огромного набора данных микрочипов с более чем 4 000 000 строк. У меня есть столбцы в виде образцов, а строки в виде генов / локусов. Я прошел некоторые уроки по использованию PCA и наткнулся н…
27 сен '12 в 16:20
0 ответов

PCA на растре в R: пропорция Var одинаково распределена между компонентами?

Я делал PCA на 35 растрах с некоторыми данными об окружающей среде (climond). Все отлично работает, и я использую эту команду в R для выполнения PCA в растровом стеке: pca<-princomp(na.omit(values(s)), cor=TRUE) Все растры выглядят хорошо, но каж…
20 янв '15 в 06:26