PCA prcomp: как получить график с PC1 на PC3

Question

В моем скрипте для PCA (ниже) я всегда получаю график PC1 против PC2.

 mydata.pca <- prcomp(mydata.fixed, center = TRUE, scale. = TRUE)

 g <- ggbiplot(mydata.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
               groups = mysamples, ellipse = FALSE, 
               circle = FALSE, var.axes=FALSE) 
g <- g + scale_color_discrete(name = '') 
g <- g + theme(legend.direction ='horizontal', 
                legend.position = 'top') 
g <- g + theme_bw()

Тем не менее, когда я запускаю что-то вроде:

summary(mydata.pca)

Я вижу всю информацию для ПК1 на ПК4. Как я могу изменить свой скрипт ggbioplot, чтобы получить график ПК1 против ПК3?

Answer 1

Аргумент выбора ggbiplot это то, что вы ищете:

iris_pca <- prcomp(iris[, 1:4], center = TRUE, scale. = T)

# PC1 vs PC 2

ggbiplot(iris_pca, choices = c(1,2), obs.scale = 1, var.scale = 1, 
         groups = iris$Species, ellipse = TRUE, 
         circle = TRUE) + scale_color_discrete(name = '') + theme(legend.direction = 'horizontal', 
               legend.position = 'top')

# PC1 vs PC 3

ggbiplot(iris_pca, choices = c(1,3), obs.scale = 1, var.scale = 1, 
         groups = iris$Species, ellipse = TRUE, 
         circle = TRUE) + scale_color_discrete(name = '') + theme(legend.direction = 'horizontal', 
               legend.position = 'top')