Добавление меток к отдельным генам с помощью ggbio и ggplot2

Question

Я пытаюсь добавить генные метки к моему графику, который отображает геномные сегменты с помощью пакета ggbio.

Я использую autoplot() функция и передать в объект GenomicRanges. У объекта GRange есть столбец меток метаданных, которые я хочу отображать на сгенерированном графике в верхней части каждого графического сегмента.

Вопрос: Как добавить метки в график ggbio / ggplot2 из столбца метаданных?

Мой код выглядит следующим образом, без меток и с g в качестве объекта GenomicRanges.

autoplot(g)

Answer 1

Как было предложено ранее пользователем zx8754, я бы следовал руководству ggbio , но сосредоточился на разделе 2.2.5 Создание модели гена из объекта GRangesList .

По сути, ответ на ваш вопрос о том, как добавить метки к графику ggbio из столбца метаданных, будет состоять в том, чтобы разделить объект grranges на основе столбца метаданных и использовать функцию автографика с этим именованным списком grranges. Хитрость здесь заключается в том, чтобы добавить дополнительный столбец type="exon"к объекту grranges заранее, чтобы имитировать структуру модели гена/транскрипта.

      library(ggbio)
library(GenomicRanges)

g <- GRanges(seqnames = "chr1",
             ranges = c("100-150","150-200"), 
             strand = c("+","-"),
             group = c("A","B"),
             type = "exon")
autoplot(g)

      grl <- split(g, g$group)
autoplot(grl)
#> Constructing graphics...

^{Создано 08 февраля 2021 г. пакетом reprex (v1.0.0)}