Описание тега iranges

Описание тега Вопросы с тегом
IRanges is a Bioconductor package: Infrastructure for manipulating intervals on sequences
0 ответов

Как получить геномные координаты из файла fasta

Поскольку произошло обновление эталонного генома, мне нужно было получить fastta из старых последовательностей (из файла постели), чтобы найти новые координаты в этом последнем выпуске. Итак, из моего файла fastta с именем "my.fasta", (с 35 последов…
22 ноя '16 в 21:56
2 ответа

Получить конкретный диапазон, который перекрывается

У меня есть два кадра данных: cnv_1 chr start end 3 62860387 63000898 12 31296219 31406907 14 39762575 39769146 19 43372386 43519442 19 56419263 56572829 cnv_2 chr start end 6 30994163 30995078 19 43403531 44608011 18 1731154 1833682 3 46985863 4716…
01 дек '16 в 12:11
1 ответ

Функция покрытия () в R

Я хочу понять, что функция покрытия делает с IRange. например коды ниже: ir<- IRanges (1: 3, width = 3) ir IRanges объект с 3 диапазонами и 0 столбцами метаданных: начальная конечная ширина [1] 1 3 3 [2] 2 4 3 [3] 3 5 3 покрытие (ir) целое число -Пр…
29 июн '17 в 15:33
4 ответа

Расширить диапазон в обоих направлениях

У меня есть объект GRanges, и я хотел бы расширить все диапазоны, например, 1 КБ с обеих сторон, чтобы каждый диапазон стал на 2 КБ длиннее. Странно, но я не смог сделать это, используя inter-range-methods GenomicRanges или IRanges. Один из способов…
17 дек '15 в 09:52
1 ответ

Любой способ извлечь из именованного IntegerList более элегантно из вложенного списка?

У меня есть список индекса позиции в IntegerList, и я намеревался фильтровать их по заданному порогу, и он работает хорошо. Однако я хочу извлечь один из определенных отфильтрованных наборов для каждого IntegerList для дальнейшего использования. Я з…
01 окт '16 в 15:00
1 ответ

Проверить, в какой диапазон попадает число, и вернуть новый столбец с соответствующим смещением

У меня есть два кадра данных ch и shift. В кадре данных ch у меня есть столбец с именем pos, который содержит числа, как показано ниже. В сдвиге фрейма данных у меня есть три столбца с именем Shft, начало и конец. ch &lt;- structure(list(pos = c(3.2…
04 дек '15 в 21:10
2 ответа

R объединяет вывод findOverlaps и countOverlaps

У меня есть два набора IRanges для сравнения. Моя цель состоит в том, чтобы получить выходные данные, которые имеют положение перекрытий, если оно существует, и смещение диапазонов, указанных как отрицательное начало, если они не перекрываются. По к…
29 дек '15 в 18:55
0 ответов

Распечатка списка объектов Grange

У меня есть список с гранжами следующим образом: $ File1.bed GRanges object with 3 ranges and 2 metadata columns: seqnames ranges strand | name &lt;Rle&gt; &lt;IRanges&gt; &lt;Rle&gt; | &lt;character&gt; [1] chr1 [ 4, 6] + | TF1 [2] chr1 [ 9, 9] + |…
26 сен '18 в 10:48
1 ответ

Диаграмма Венна от GRanges

У меня есть объекты типа granges, подобные этим (показаны два из четырех): &gt; upmd_Hf3a GRanges object with 398117 ranges and 2 metadata columns: seqnames ranges strand | type nCG &lt;Rle&gt; &lt;IRanges&gt; &lt;Rle&gt; | &lt;character&gt; &lt;int…
29 июн '16 в 09:30
1 ответ

Разбить регион на более мелкие регионы на основе отсечки

Я полагаю, это довольно простая проблема программирования, но я боролся с ней. В основном потому, что я не знаю правильных слов, чтобы использовать, возможно? Учитывая набор "диапазонов" (в виде 1-набора чисел, как показано ниже, 2-IRanges или 3-Gen…
12 сен '16 в 21:07
1 ответ

Эффективно построить GRanges/IRanges из вектора Rle

У меня есть вектор длины, закодированный, представляющий некоторое значение в каждой позиции в геноме, по порядку. В качестве примера игрушки предположим, что у меня была только одна хромосома длиной 10, тогда у меня был бы вектор, похожий на librar…
30 авг '16 в 08:54
1 ответ

Цикл по объектам списка GRanges в R

У меня проблема с циклом по списку GRanges. мой feature содержит список объектов: feature file: ... $Pol3 GRanges object with 205 ranges and 0 metadata columns: seqnames ranges strand &lt;Rle&gt; &lt;IRanges&gt; &lt;Rle&gt; 1 chr1 [ 16545569, 165463…
01 дек '16 в 18:46
1 ответ

Печать списка в зависимости от диапазона

Я хотел бы сгенерировать вывод строки в список, если встречаются некоторые значения. У меня есть таблица, которая выглядит так: grp V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 V10 V11 V12 V13 V14 V15 V16 V17 1: 1 go.1 142 144 132 134 0 31 11 F D T hy al qe 34 6 3 2:…
15 апр '14 в 08:01
2 ответа

Разбиение блока данных на перекрывающиеся группы одинакового размера

Я ищу способ разбить мои данные на группы, где каждая группа состоит из того же размера окна, который я определяю. Chrom Start End chr1 1 10 chr1 11 20 chr1 21 30 chr1 31 40 Например, если я хочу размер окна 20, то группы будут: 1-20, 11-30, 21-40. …
23 апр '18 в 08:01
2 ответа

Найти все диапазоны за пределами определенного набора диапазонов

Мне интересно, что было бы лучшим способом определить все диапазоны, которые не охватываются данным набором диапазонов. Например, если у меня есть набор генов с известными координатами: dtGenes &lt;- fread( "id,start,end 1,1000,1300 2,1200,1500 3,16…
28 ноя '13 в 19:34
1 ответ

Применить функцию, чтобы вернуть data.table, или преобразовать список непосредственно в data.table

Я хотел бы применить функцию, которая возвращает матрицу для каждой строки большого объекта data.table (исходный файл составляет около 30 ГБ, у меня есть 80 ГБ ОЗУ), и вернуть объект data.table. Я хотел бы сделать это эффективно. Мой текущий подход …
21 сен '13 в 15:40
1 ответ

Упорядочить список объектов IRanges, чтобы получить все элементы по убыванию

У меня возникают трудности при попытке упорядочить список по убыванию... У меня есть объект ByPos_Mindex или список из 1000 объектов IRange (CG_seqP) из C &lt;- vmatchPattern(CG, CPGi_Seq, max.mismatch = 0, with.indels = FALSE) IRanges object with 2…
23 июн '18 в 01:56
0 ответов

Как посчитать перекрытия между несколькими категориями в R

У меня есть фрейм данных времени начала, времени окончания в метке времени UNIX и категории, как показано ниже: Я хочу найти совпадения одной категории, скажем "а" среди других категорий "b" и "с" и то же самое для других категорий. Я хочу выяснить,…
28 июл '16 в 13:04
1 ответ

Разделение перекрывающихся строк внутри групп на основе дат

Я пытаюсь создать новые строки на основе перекрывающихся периодов времени существующих строк. Например, я хотел бы включить это: Customer_Product &lt;- data.table(Customer=c("A01","A01","A01", "A02", "A02", "A02", "A03", "A03", "A03"), Product=c("Pr…
26 сен '18 в 10:48
1 ответ

Использование r для проверки сдвига в производственном предприятии на основе метки времени

Используя временную метку произведенной единицы, я хочу проверить, в какую смену она была произведена. В основном производство осуществляется в две смены в день. время смены - с 06:00 до 18:00 и с 18:00 до 06:00. Сдвиг данных, приведенный ниже, пока…
05 дек '15 в 12:29