LiftOver в R (ошибка)

Question

Я пытаюсь использовать функцию LiftOver в rtracklayer пакет, но я получаю одну ошибку, это мой код:

library(rtracklayer)
library(gwascat)
library(IRanges)

chain <- import.chain("bosTau6.hg19.all.chain")

df <- read.table(textConnection("chr  start  end
chr5  58024309  58039917"), header =T)

library(GenomicRanges)

gr <- makeGRangesFromDataFrame(df, TRUE)

humcon <- liftOver(gr, chain)

Для загрузки и распаковки файла цепочки в рабочую папку я использовал:

wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/bosTau6/vsHg19/bosTau6.hg19.all.chain.gz
gunzip gunzip bosTau6.hg19.all.chain.gz

Ошибка следует:

Warning message:
'mseqapply' is deprecated.
Use 'as(mapply(FUN, ...), 'List')' instead.
See help("Deprecated")

Некоторые идеи, почему это не работает? Спасибо!

Answer 1

Это всего лишь предупреждение, а не ошибка.

Найден простой веб-поиск:

https://www.biostars.org/p/122005/